6-го числа приехал сам царь с сыном Иоанном, со всем двором и с 1500 стрельцов и стал на торговой стороне, на Городище. На другой день вышло первое повеление: игуменов и монахов, которые стояли на правеже, бить палками до смерти и трупы развозить по монастырям для погребения. На третий день, в воскресенье, Иоанн отправился в Кремль к обедне в Софийский собор. На Волховском мосту его встретил, по обычаю, владыка Пимен и хотел осенить крестом. Но царь не пошёл приложиться ко кресту и гневно сказал владыке: «Ты, злочестивый, держишь в руке не крест животворящий, а оружие и этим оружием хочешь уязвить наше сердце: с своими единомышленниками, здешними горожанами, хочешь нашу отчину — этот великий богоспасаемый Новгород предать иноплеменникам — литовскому королю Сигизмунду-Августу. С этих пор ты — не пастырь и не учитель, но волк, хищник, губитель, изменник, нашей царской багрянице и венцу досадитель». Проговорив это, Иоанн велел Пимену идти с крестами в Софийский собор служить обедню, у которой был сам со всеми своими. После обедни он пошёл к архиепископу в столовую палату обедать, сел за стол, начал есть — и вдруг завопил страшным голосом. Этот вопль, известный под именем «царского ясака», был сигналом грабежа. Ворвались опричники и начали грабить казну архиепископа и весь его двор; бояр и слуг его перехватали; самого владыку, ограбив, отдали под стражу и давали ему на корм ежедневно по две деньги. Дворецкий Лев Салтыков и духовник царский, протопоп Евстафий, с боярами пошли в Софийский собор, забрали там ризницу и все церковные вещи. То же самое было сделано по всем церквам и монастырям. Между тем Иоанн с сыном отправился из архиепископского дома к себе на Городище, где начался суд: к нему приводили новгородцев, содержавшихся под стражею, и пытали их. Обвинённых привязывали к саням, волокли к Волховскому мосту и оттуда бросали в реку. Жён и детей их бросали туда же с высокого места, связав им руки и ноги, младенцев, привязав к матерям. Чтобы никто не мог спастись, дети боярские и стрельцы ездили на маленьких лодках по Волхову с рогатинами, копьями, баграми; кто всплывёт наверх, того прихватывали баграми, кололи рогатинами и копьями и погружали в глубину. Так делалось каждый день в продолжение пяти недель. Псковский летописец говорит, что Волхов был запружен телами. В народе до сих пор осталось предание, что Иоанн Грозный запрудил убитыми новгородцами Волхов, и с тех пор, как бы в память этого события, от обилия пролитой тогда человеческой крови река никогда не замерзает около моста, как бы ни были велики морозы.
По окончании суда и расправы Иоанн начал ездить около Новгорода по монастырям и там приказывал грабить кельи, служебные дома, жечь в житницах и на скирдах хлеб, бить скот. Осталось предание, что, приехавши в Антониев монастырь, царь отслушал обедню, потом вошёл в трапезную и приказал избить всё живое в монастыре.
Приехав из монастырей, Иоанн велел по всему Новгороду по торговым рядам и улицам грабить товары, рассыпать амбары и лавки; потом начал ездить по посадам, велел грабить все дома — всех жителей без исключения; мужчин и женщин, дворы и хоромы ломать, окна и ворота высекать.
Наконец 13-го февраля утром государь велел выбрать из каждой улицы по лучшему человеку и поставить перед собою. Они стали перед ним с трепетом, но царь взглянул на них милостивым и кротким оком и сказал: «Жители великого Новгорода, оставшиеся в живых! Молите Господа Бога, Пречистую Его Матерь и всех святых о нашем благочестивом царском державстве, о детях моих, благоверных царевичах Иване и Феодоре, о всём нашем христолюбивом воинстве, чтобы Господь Бог даровал нам победу и одоление на всех видимых и невидимых врагов; а судит Бог общему изменнику моему и вашему, владыке Пимену, его злым советникам и единомышленникам: вся эта кровь взыщется на них, изменниках. Вы об этом теперь не скорбите, живите в Новгороде благодарно; я вам вместо себя оставлю правителем боярина своего и воеводу, князя Петра Даниловича Пронского».
Владыку Пимена, священников и дьяконов, которые не откупились от правежа, и опальных новгородцев, которых дело ещё не было решено, отослали с приставами в Александровскую слободу. Архиепископа Пимена царь предал поруганию: его посадили на белую кобылу, в худой одежде, с волынкою и бубном в руках, как скомороха, и возили из улицы в улицу. «Тебе пляшущих медведей водить, а не сидеть владыкою!» — говорил ему царь. Бывший владыка новгородский был сослан в Венёвский Николаевский монастырь и умер в заключении.
Оставляя Новгород, Иоанн посетил затворника Арсения. Разорив все новгородские монастыри, царь пощадил обитель Арсения, несколько раз посещал его и без гнева выслушивал обличения праведника, который один осмеливался быть заступником несчастного города, отказывал царю в благословении и не принял от него богатых даров. Во всё продолжение разгрома Арсений не выходил из кельи, неусыпно молясь о смягчении царской ярости. Накануне своего отъезда из Новгорода царь вошёл вечером в келью затворника и нашёл его на молитве.