Филипп отвечал:
Царь пошёл в свои палаты в большом раздумье и в гневе на святители.
Через некоторое времи царь снова пришёл в воскресный день в соборную Успенскую церковь к литургии. Сам он и сопровождавшие его опричники были в чёрных одеждах, с высокими шлыками на головах. Он приблизилси к митрополичьему месту, на котором стоил Филипп, и три раза просил его благословений. Но свититель ничего не отвечал и не двигал си. Тогда бояре сказали: «Владыко свитый, к тебе пришёл благочестивый царь и требует твоего благословении». После этого Филипп, взглинув на Иоанна, произнёс: «Царь благой! Кому поревновал ты, принив на себн такой вид и изменив своё благолепие? Убойси суда Божия: на других ты налагаешь закон, а сам нарушаешь его. У татар и язычников есть правда; в одной России нет её. Во всём мире можно встречать милосердие, а в России нет сострадания даже к невинным и правым. Здесь мы приносим Богу бескровную жертву за спасение мира, а за алтарём безвинно проливается кровь христианская. Ты сам просишь прощения во грехах своих пред Богом, прощай же и других, согрешающих пред тобою...» Иоанн распалился яростию и воскликнул: «О, Филипп! Нашу ли волю думаешь изменить? Лучше было бы тебе быть единомысленным с нами?» «Тогда, — отвечал святитель, — суетна была бы вера наша, напрасны и заповеди Божии о добродетелях. Не о тех скорблю, которые невинно предаются смерти, как мученики; я скорблю о тебе, пекусь о твоём спасении». Иоанн, не слушая слов святителя, в великом гневе махал руками, грозил ему изгнанием и говорил: «Ты противишься, Филипп, нашей державе? Посмотрим на твою твёрдость». «Я пришелец на земле, как и отцы мои, — отвечал святитель, — и за истину благочестия готов потерпеть и лишение сана, и всякие муки». Тут же в соборе враги Филиппа, желая унизить его всенародно, подготовили на св. старца самую гнусную клевету, которую подучили произнести пред всеми одного благообразного отрока, бывшего чтецом домовой митрополичьей церкви. Выслушав отрока, Пимен новгородский и другие епископы, угодники царские, сказали: «Царя укоряет, а сам творит такие неистовства». Митрополит отвечал Пимену: «Ты домогаешься восхитить чужой престол, но скоро лишишься и своего». А отрока, который вслед затем сознался, что говорил всё не по своей воле, но по принуждению и из страха, простил и благословил. Когда эта клевета не удалась, царь приказал схватить всех бояр и сановников митрополичьих: их заключили под стражу и пытали, стараясь выведать что-нибудь недоброе о святителе, но ничего не допытались.
28-го июля, по случаю праздника в Новодевичьем монастыре, митрополит там священнодействовал. Туда же прибыл на праздник, по утвердившемуся обычаю, и царь со всеми боярами и опричниками. В то время как Филипп, совершая крестный ход вокруг обители, достиг св. ворот и хотел читать Евангелие, он увидел, обратившись к народу, что один опричник стоит в тафье, и сказал государю: «Чтение Слова Божия следует слушать христианам с непокровенною главою; а эти откуда взяли агарянский обычай предстоять здесь с покрытыми главами?» «Кто такой?» — спросил Иоанн и, взглянув вокруг, не увидел никого в тафье, потому что виновный успел уже снять её. Царю сказали, что митрополит говорит неправду, издеваясь над его царскою державою. Иоанн вышел из себя, всенародно поносил святителя и называл лжецом, мятежником и злодеем.