Изучение Чина венчания показывает, что по крайней мере в самом начале царствования Алексея Михайловича на первых ролях оказался совсем не боярин Борис Иванович Морозов, а ближайшее родственное окружение царя. Однако состав Боярской думы был реформирован стремительно, еще в дни торжеств по поводу царского венчания. На следующий день, 29 сентября, в бояре пожаловали стольника князя Якова Куденетовича Черкасского (накануне на пиру в Грановитой палате он «вина нарежал»). Вместе с ним чин окольничего получили Иван Иванович Салтыков и князь Петр Федорович Волконский. Им была оказана честь быть главными гостями у еще одного «царского стола» в Грановитой палате. В третий день, 30 сентября, боярством были пожалованы князь Федор Семенович Куракин и Федор Степанович Стрешнев, а окольничеством — Федор Борисович Долматов-Карпов, и их также пригласили на пир в Грановитую палату. 1 октября, на праздник Покрова Богородицы, боярский чин получил князь Михаил Михайлович Темкин-Ростовский, а чин окольничего — Никифор Сергеевич Собакин (еще один царский «дядька», наряду с боярином Морозовым){50}. Назначения в Думу сразу четырех новых бояр и трех окольничих заметно увеличили ее состав{51}; они показали, кого из своих ближних людей хотел видеть в правительстве царь Алексей Михайлович. Кроме того, 2 октября Борису Ивановичу Морозову был пожалован исключительный боярский оклад в 900 рублей{52}, а в Москву вернули находившегося на воеводстве в Новгороде Великом его младшего брата боярина Глеба Ивановича Морозова{53}. Последовавшие важные перестановки в руководстве приказами еще больше укрепили морозовский клан. 11 октября в важнейший Владимирский судный приказ, ведавший судом по делам членов Государева двора, снова назначили боярина Ивана Васильевича Морозова, руководившего этим приказом в середине 1630-х годов. Он сменил заметного участника церемонии царского венчания боярина Ивана Петровича Шереметева (к тому времени тот уже около шести лет был судьей приказа). В Московском судном приказе оставили недавно назначенного боярина Михаила Михайловича Салтыкова, но в товарищах у него появился князь Ефим Федорович Мышецкий.
Первым делом боярин Морозов стремился сосредоточить в своих руках управление ключевыми приказами, определявшими его положение своеобразного «регента Московского государства». Как писал историк Павел Петрович Смирнов, исследовавший состав морозовского «правительства», уже при царе Михаиле Федоровиче наблюдалось соединение «в одних руках» — сначала боярина князя Ивана Борисовича Черкасского, а потом боярина Федора Ивановича Шереметева — «трех основных должностей»: «начальника Стрелецкого приказа, т. е. командующего московским гарнизоном, начальника Большой казны, или управляющего финансами государства, и начальника Аптекарского приказа, являвшегося доверенным оберегателем царского здоровья»{54}. В 1646 году все эти должности получил боярин Борис Иванович Морозов, потеснив Федора Ивановича Шереметева еще из приказа Новой чети, ведавшего важной статьей государственных доходов от питейного дела, и Иноземского приказа, распоряжавшегося делами о службе иноземцев. Сменен был и другой Шереметев — Василий Петрович (тоже заметный участник венчания на царство Алексея Михайловича), стоявший во главе Разбойного приказа. Вперед пошли родственники боярина Б. И. Морозова — его шурин Тихон Никитич Траханиотов (а за ним и шурин самого Траханиотова, Леонтий Степанович Плещеев), друзья — Григорий Гаврилович и Борис Иванович Пушкины. К ним перешло управление упомянутым Разбойным приказом, Оружейной палатой и Земским приказом, ведавшим управлением Москвы. Пушкиных и Траханиотовых пожаловали в бояре и окольничие.