Мюнцер с головой уходит в дела религии, но одновременно ни на минуту не прекращает забот об укреплении тайного союза своих последователей. Вторая половина 1523-го и начало следующего года проходят сравнительно спокойно. Тихо в Альтштедте, но уже в городе и окрестностях незаметно подымаются массы.
Книгопечатание, изобретенное Иоганном Генсфлейшем Гуттенбергом в первой половине предшествующего века, стало могучей силой. Восстание против католической церкви, поднятое Лютером, конечно не смогло бы так быстро охватить широкие слои населения, если бы по стране не расходились типографские оттиски его сочинений. Это прекрасно понимал Мюнцер и использовал период альтштедтского затишья для сочинения и издания ряда брошюр и книг, в первую очередь теологического характера.
Богослужение на немецком языке, введенное Мюнцером, записано в книге: «Порядок и расписание немецкой службы в Альтштедте, установленные священником Томасом Мюнцером на прошедшую пасху 1523 года. Альтштедт, 1524 год. Напечатано в Эйленбурге Николаем Видемаром».
Продолжая работать в направлении церковной реформы, Мюнцер издает еще два сочинения: «Немецкая евангелическая обедня, совершаемая папскими попами, к великому ущербу веры, по латыни и приведенная
Это сочинение является переводом на немецкий язык текста богослужения, но книга снабжена предисловием, в котором автор подвергает критике заблуждения и пороки папской церкви.
Вторая книга — «Немецкое богослужение, предназначенное, по неизменной воле божией, поднять на погибель всех безбожников коварный покров, под которым держали свет мира, вновь являющийся теперь, вместе с этим в назидание возрождающемуся христианству, Альтштедт». Это — перевод на немецкий язык латинских песнопений пяти служб. О своем переводе псалмов Мюнцер говорил, что он делал его «более по смыслу, чем дословно».
Основы религиозных взглядов Мюнцера изложены в этот период в двух агитационных брошюрах: «Протест Томаса Мюнцера из Штольберга в Гарце, священника в Альтштедте, касающийся его учения и начала правильной христианской веры и крещения Альтштедт, 1524 год» и «О ложной вере».
В «Протесте» Мюнцер подает руку демократической, широко распространенной секте анабаптистов (перекрещенцев).
Но, утверждая несостоятельность официального церковного взгляда на крещение, Мюнцер, однако, не требовал, подобно анабаптистам, вторичного крещения для взрослых членов своей общины.
Вопрос о крещении не занимает крупного места в религиозной системе Мюнцера. Очень возможно, что магистр Томас разоблачением бессмысленности крещения детей стремился прежде всего привлечь на свою сторону довольно сильную секту анабаптистов, которая могла оказать ему существенную помощь в дальнейшей политической борьбе.
Брошюра «О ложной вере» представляет собой логическое развитие взглядов, раньше изложенных им в «Пражском воззвании».
В этом сочинении отличие его религиозных воззрений от учения Лютера выступает особенно ярко и определенно. Краеугольным камнем учения Лютера было оправдание верой. Вера — то главное и единственное, что необходимо человеку и чем определяется его путь к истине и спасению. Источник, из которого питается человеческая вера, — священное писание, слово самого бога, данное единожды и навеки остающееся неизменным. Римская церковь стала церковью ложной прежде всего потому, что она на первый план выдвигала внешние стороны религиозного культа, которые заслонили собою вопросы внутренней жизни христианина — вопросы веры.
Это признание безусловного главенства веры неизбежно должно было привести Лютера к принижению разума, к боязни самостоятельных дерзаний пытливого человеческого ума. Лютер писал: «И пусть он остерегается высокого полета мысли, желающей войти на небо без этого руководителя, именно господа Христа в его человеческом существе, как попросту описывает его Слово: пусть он остановится на этом и не позволит разуму соблазнить его, и тогда он истинно поймет бога». Так торжество веры порабощало разум, так церковная реформа Лютера вела к подавлению революционной силы разума и неизбежно должна была противостоять социальной революции.
Поэтому Мюнцер — наиболее революционный мыслитель своего времени — не мог принять учение виттенбержца и пошел дальше, избрав свой собственный путь и выступив с резкой критикой рождавшегося протестантизма.
Цепи церковного авторитета, основанного на внешних обрядах, цепи веры — слепого почитания писания как единственного источника откровения, — эти цепи, выкованные Римом, были ненавистны Мюнцеру. Он сбрасывал их во имя внутренней свободы, во имя борьбы с застывшим, неизменным законом.