При такой реформе церковных установлений общественная жизнь приобретала новый интерес. Власть и законы, стоявшие под охраной церкви, делались предметом критики народа.
Прошло всего несколько месяцев, как слухи о пребывании в Альтштедте Мюнцера и о его деятельности в этом городе дошли до Виттенберга. В это время между Лютером и Мюнцером еще не было полного разрыва. Лютер обратился к альтштедтскому проповеднику с письмом, написанным в сдержанном и, казалось, даже благожелательном тоне; он просил Мюнцера сообщить об учении, распространяемом им среди своей паствы.
Мюнцер не замедлил ответом, исполненным внешнего почтения и содержащим ряд лестных и хвалебных отзывов по адресу Лютера. Мюнцер отрицал свою причастность к беспорядкам в Цвиккау и заверял Лютера в своей готовности дать полный отчет о проповедуемом учении. Письмо это датировано 5-м июля. Мюнцер, конечно, не торопился с отчетом и не без основания боялся личного свидания и диспута с Лютером в Виттенберге, где Лютер был полным властелином. Мюнцер ожидал репрессий и требовал для диспута более безопасного места.
В письме к Спалатииу от 3 августа Лютер жалуется на то, что Мюнцер избегает свидания и беседы с ним, и обвиняет альтштедтца в противоречиях со священным писанием, которые подстать только «бессмысленному, пьяному человеку».
Им было не по пути. Не могло быть речи о мирном сосуществовании возглавляемых ими политических течений. Предстояла жестокая борьба. Мюнцер не только хотел итти самостоятельными путями в области религиозной реформы, но и поднимал знамя восстания против господствующих классов, против феодалов и богачей, во имя интересов и счастья угнетенных масс. Нападки же Лютера на католическую церковь и его реформационная деятельность не мешали ему принимать существующий строй и быть верным слугой княжеской власти. В этот период политические воззрения Мюнцера приобретают вполне определенные и законченные очертания. Он делается выразителем требований революционной плебейско-крестьянской части оппозиции.
Мюнцер не хотел и не мог итти на какие-либо компромиссы с Виттенбергом, но вместе с тем считал целесообразным несколько оттянуть решительное столкновение с Лютером и его покровителями, чтобы тем временем лучше подготовиться к борьбе.
Кафедра в альтштедтском соборе была необходима Мюнцеру как открытая трибуна для пропаганды. В это время Мюнцер делает первые шаги к основанию тайного союза своих единомышленников.
«Башмак» и «Бедный Конрад» ясно показали господствующим классам, какую огромную опасность представляют собой тайные религиозно-политические организации простонародья и как велика об’единяющая и руководящая роль этих организаций в народных восстаниях. Князья и слуги их были настороже. Организаторам и членам всякого тайного союза угрожала быстрая и жестокая расправа. Между тем Мюнцер почти открыто призывает альтштедтских граждан к созданию «союза против тех, кто преследует евангелие». Так создавалось и росло братство защитников истинной веры. Но этот открытый союз альтштедтских горожан являлся ширмой, за которой скрывалась конспиративная организация. Более узкий круг надежных последователей составлял «Тайный союз». Вступавшие в него клялись «жертвовать друг за друга имуществом и жизнью». Этим людям были открыты истинные замыслы Мюнцера. В последние дни своей жизни Мюнцер под пыткой показал, что «одним из основных принципов общества, осуществить который оно стремилось, был
Проповеди Мюнцера находили живой отклик в среде неимущих. Революционное влияние этих проповедей было замечено в первую очередь в мансфельдских горных округах.