Мансфельдский граф Эрнст, верный сын папской церкви, резиденция которого находилась в близлежащем Гельдрунгене, запретил своим подданным посещать проповеди в Альтштедте. Мюнцер поднял брошенную ему перчатку и 13 сентября с церковной кафедры, при большом стечении молящихся назвал графа «еретическим плутом и живодером и другими дурными и поносными словами». Вскоре о дерзкой выходке альтштедтского проповедника донесли графу, и он потребовал от магистрата изгнания своего обидчика, угрожая за ослушание репрессиями. Но выполнить требование графа было нелегко, даже если бы городские власти очень этого хотели. Мюнцер в Альтштедте представлял собой такую силу, с которой вынуждены были считаться. Со стороны альтштедтских правителей последовал дипломатический ответ: они не в силах сделать то, что желает от них граф, ибо дело это касается божьего слова и проповедник является лицом духовного сословия. Но, вместе с тем, испуганный угрозами магистрат просил графа воздержаться от применения силы и обратиться со своими требованиями к их господину и главе — курфюрсту. К этому посланию были приложены письма обоих альтштедтских проповедников — Мюнцера и Хаферица.
Хафериц, отрицая свою вину, все же имел мужество заявить, что не побоится выступить против графа, если тот будет противиться слову божию.
Мюнцер держался вызывающе, вовсе не заботясь о смягчении конфликта.
Он писал графу: «Если вы, свидетель тому бог, будете упорствовать в таком бешенстве и неразумном запрещении, то я от сегодняшнего дня и до тех пор. пока во мне бьется сердце, буду вас поносить и без устали кричать о том, что вы дурной, невежественный человек, не только перед христианским миром, но направленные против вас книги предложу перевести на многие языки для турок, язычников и евреев. Вы должны знать, что в таком важном и правом деле не боюсь я никого в целом мире». Мюнцер предложил графу не пытаться применять насилие, так как он должен подумать о «будущих раздорах». Мюнцер угрожал поднять против мансфельдского графа сотни и тысячи недовольных, подобно тому, как Лютер действовал против папы. Раздраженный граф Эрнст принес куофюрсту жалобу на его дерзких подданных. Так курфюрст саксонский Фридрих и его брат и соправитель герцог Иоанн впервые услышали (о Мюнцере и об альтштедтской опасности.
Курфюрст высказал магистрату свое неудовольствие происшедшим и потребовал об’яснений: кем был призван и утвержден священником в Альтштедте Мюнцер. Дело могло принять неблагоприятный для Мюнцера оборот, ибо курфюрст склонялся к тому, чтобы предать его судьбу в руки обиженного графа. Городские власти вынуждены были взять с Мюнцера обещание явиться к курфюрсту на допрос по первому его требованию. Немедля Мюнцер направил Фридриху письмо, выдержанное в верноподданнических тонах: курфюрст — избранный богом защитник истинной веры, и он не потерпит, чтобы проповеди евангелия был нанесен ущерб.
Покорное ли обращение Мюнцера или заступничество магистрата подействовало на курфюрста, но обличительные речи Мюнцера против графа остались безнаказанными. Ему лишь запретили употреблять с церковной кафедры слова, «которые не ведут к прославлению бога и христианскому поучению народа».
Но деятельность Мюнцера вовсе не ограничивалась проповедничеством с церковной кафедры. К этому времени он успел развить широкую деятельность. Не только в Альтштедте, но и в соседних городах Мюнцер имел уже последователей и учеников. Он поддерживал с ними личное общение и деятельную переписку, готовил их к борьбе с тиранами. Об этом свидетельствует письмо Мюнцера, датированное 18 июля 1523 года: «Строгое увещание возлюбленным братьям в Штольберге избегать неразумного восстания». В нем Мюнцер говорит о выдержке и терпении: «Восстание разумно и целесообразно, когда народ к этому подготовлен». «В высшей степени глупо, что некоторые из избранных друзей божиих думают, будто бог скоро должен переменить все к лучшему среди христиан и поспешить им на помощь, между тем как к этому никто не стремится и не жаждет сделаться нищим духом». Мюнцер верит, что благоприятные условия для восстания вскоре наступят, ибо сама жизнь идет к этому. Неразумие и свирепость властей ожесточают сердца народа: «Бог заставляет тиранов свирепствовать все больше и больше, чтобы избранные преисполнились стремлением искать бога».
Мюнцер вовсе не является сторонником пассивного ожидания благоприятного для революции положения. К борьбе надо готовиться, и он прежде всего стремится воспитать своих сторонников мужественными, идейными бойцами, готовыми на самопожертвование за народное дело. «Я слышу, что вы очень хвастливы, ничему не учитесь и очень беспечны. Когда вы пьете, то много говорите о деле, а когда трезвы — становитесь трусами. Поэтому, дорогие братья, исправьте вашу жизнь: избегайте кутежей, страстей и предающихся им; будьте смелее, чем до сих пор, так как вам предстоит еще работать, и пишите мне».