Голицын сперва был назначен генеральным прокурором святейшего Синода, что его очень удивило, так как он сам признается, что был человеком рассеянным, светским и ленивым. «Рассеянная жизнь, придворные привычки, мой веселый характер — все это мне казалось несовместимым с такими серьезными занятиями». Принадлежа к «нечестивой школе XVIII века», Голицын раньше «ни во что не верил». Но еще более серьезным недостатком его было то, что он совершенно не обладал ни постоянством, ни твердым характером. Сделавшись министром культов и народного просвещения, он стал подготовлять свое «обращение». Он запретил издания мистиков, вроде Сионского вестника, издатель которого, Лабзин, был выслан в Симбирскую губернию (1822), запретил секты хлыстов, придирался к «раскольникам». Духовенство не верило в искренность его обращения, и в 1824. году Серафим с помощью Аракчеева добился отставки Голицына, который был заменен адмиралом Шишковым. В церкви раздались песни ликования, и архимандрит Фотий писал: «Безбожие уничтожено, богохульствующая армия дьявола побеждена, ересь и раскол приведены к молчанию, все общества, враждебные богу, сокрушены. Мы имеем министром только нашего спасителя Иисуса Христа, во славу бога отца. Аминь!»
В это время скончался Александр. Аракчеев, опасаясь, что восшествие на престол Николая может повлечь за собой общую амнистию, осмелился ускорить казни. Это стало причиной его опалы. Он получил приказ отправиться путешествовать за границу, был смещен со всех должностей и принужден в конце концов проживать только в своих имениях. Он прожил там до 1834 года, предавшись благочестию, занятый делами благотворительности, и умер, устремив глаза на портрет Александра I, льстя себя надеждой встретить его на небе… Таким образом, варварство, не тронувшее Александра, возмутило Николая, который и избавил Россию от этого бича[49].
Но в сущности Голицын уже предвосхитил дело Шишкова. Его управление университетами было настолько реакционно, что, по донесениям полиции от 1818 и 1819 годов, его обвиняли в том, что он превратно понимает «благожелательные намерения государя», распространяя «суровые принципы христианства на абстрактные науки, не имеющие влияния на веру», и в том, что он наметил план воспитания, «который находится в противоречии с цивилизацией XIX века». Голицыным была начата и почти закончена «чистка» русских университетов.
Попечителем Казанского университета был Магницкий, старый друг Сперанского, отказавшийся от своих прежних французских идей. Он поставил себе целью организовать преподавание, «соответствующее принципам акта Священного союза». Магницкий изгнал из университета одиннадцать профессоров, вычеркнул из списка почетных членов «цареубийцу» Грегуара, исключил из библиотеки в числе других подозрительных книг Право мира и войны Гроция, запретил преподавать геологическое учение Вюффона, так же как и астрономическое учение Коперника, Галилея и Ньютона, предписал, чтобы на «академических (университетских) актах» доклады по минералогии и другие перемежались с молитвами и церковными песнопениями. Профессор литературы должен был доказывать литературное превосходство библии над всеми светскими авторами; профессор истории — предлагать в качестве образца Всеобщую историю архиепископа Боссюэ; профессор философии — поучать, что научные истины носят случайный (относительный) характер и что единственная абсолютная истина основывается на откровении, данном Христом; профессор политической экономии — твердить о добродетелях, которые «превращают блага материальные в блага духовные». Ввиду того что медицина должна была стать насквозь христианской, вскрытия как святотатство по отношению к умершим были с этого момента запрещены, и анатомическое препарирование перенесено на кладбища. Ректор Никольский в своем курсе математики трактовал треугольник как символ троицы.
Из Харьковского университета изгнали двух профессоров. Самым любопытным был случай с четырьмя профессорами Петербургского университета: профессором философии Галичем, профессором статистики Арсеньевым, профессором политических наук Германом и профессором всеобщей истории Раупахом. Первый был обвинен в том, что преподавал философию Шеллинга, а три других в том, что они воспроизводили теории Шлецера, протеже Екатерины II. Шлецера при этом обвиняли в «робеспьеризме» и «маратизме». Попечитель Рунич вел расследование на основании записей или высказываний учащихся. Министр Голицын не осмелился указать царю, как нелепо такое расследование, и четыре профессора были уволены со службы; более того — они оставались под угрозой уголовного обвинения, которое затянулось до 1827 года.
В 1822 году запретили принимать в Дерптский университет студентов, посещавших раньше германские университеты; в 1823 году запретили ездить учиться в германские университеты, а в 1824 году вычеркнули из программ в качестве «излишних» политические науки. В Харькове и Дерпте студентам было запрещено посещать театры, так как это было «противно морали» и «отвлекало от занятий».