Окончательно крейсер вступил в строй Российского Императорского флота в июле 1909 г. В том же году он принял участие в торжествах по случаю прихода в Шербур (Франция) отряда русских кораблей и в большом морском параде британского флота на Спитхедском рейде. В следующем году «Рюрик» в составе русской эскадры участвует в визите в княжество Черногория. На обратном пути в ноябре 1910 г. в проливе Ла-Манш и в Северном море перегруженный корабль попал в шторм. Амплитуда бортовой качки достигала 16 градусов. на крейсер обрушивались огромные водяные валы. Вода проникла в помещения под жилой и броневой палубами через неплотности в кожуховых крышках, установленных без резиновых уплотнителей. Корабль, однако, с честью аыдержал удары стихии и благополучно вернулся в Россию.
В годы Первой мировой войны крейсер «Рюрик» являлся флагманским кораблем командующего Балтийским флотом адмирала Н. О. Эссена, своего первого командира. Корабль принимает активное участие в боевых операциях, в том числе в обеспечении и самостоятельном выполнении активных минных постановок. 13 февраля 1915 г. крейсер потерпел серьезную аварию, налетев на камни в районе маяка Фарэ (остров Готланд). Приняв около 2400 тонн воды, «Рюрик» сумел самостоятельно дойти до базы.
Доковый ремонт в Кронштадте занял три месяца. Уже 2 июля 1915 г. отремонтированный крейсер участвует в бою у о. Готланд с германским отрядом, ведя поединок с броненосным крейсером «Роон» и легким «Любек». Бой длился 25 минут, в «Рюрик» попало одиннадцать 150-мм снарядов с «Роона» (все попадания — выше ватерлинии) В ходе боя в носовой 254-мм башне «Рюрика» вышла из строя система вентиляции, в результате чего семь человек из артиллерийского расчета отравились газами. Осколками германских снарядов ранены девять человек. Убитых в этом бою не было.
В июле 1915 г. «Рюрик» участвует в обеспечении перехода линкора «Слава» в Рижский залив, в октябре-ноябре — в новых минно-заградительных операциях.
19 ноября 1916 г. отряд русских кораблей в составе линкора «Андрей Первозванный», крейсеров «Баян» и «Рюрик» и четырех миноносцев совершал переход из Свеаборга в Кронштадт, вечером того же дня, когда отряд находился в районе острова Гогланд, под форштевнем «Рюрика» взорвалась мина, поставленная германской подводной подкой «UC-27». Взрыв 150-килограммового заряда разворотил подводную носовую часть оконечности крейсера на протяжении от 0 до 20 шпангоута. Корабль приняп около 500 тонн воды и осел носом на 9,1 метра Хорошо обученный экипаж крейсера умепо и активно боролся за живучесть. Уже через 35 минут после подрыва «Рюрик» смог дать ход и некоторое время спустя благополучно прибыл в Кронштадт. После двухмесячного ремонта корабль вновь вошел в состав действующего флота. В ходе ремонтно-восстановительных работ были произведены: переборка главных и вспомогатепьных механизмов; замена трубок в котлах; установлена треногая мачта английского типа: переоборудован ходовой мостик; изменен состав вспомогательной артиллерии, которая стала включать две 47-мм пушки, одну 40-мм зенитку и два 7.62-мм пулемета.
В 1918 г. «Рюрик» участвует в обеспечении перехода русских кораблей из Ревеля и Гельсингфорса в Кронштадт. В отечественной историографии этот переход известен как «Ледовый поход Балтийского флота 1918 года». 24–27 февраля «Рюрик» совершает переход из Ревеля в Гельсингфорс. а 12–17 марта — в Кронштадт; 6-10 апреля «Рюрик» конвоирует ледокол «Ермак», вышедший навстречу кораблям 2-го отряда, идущим из Гельсингфорса.
В октябре 1918 г. «Рюрик» сдали в Кронштадский порт на долговременное хранение. Во время Гражданской войны 1917–1922 гг. с законсервированного крейсера сняли семнадцать 120-мм орудий, которые были установлены на ряде кораблей Северодвинской речной флотилии. Волжской и Онежской военных флотилий, а также на бронепоездах. В 1923 г. крейсер «Рюрик» был разобран на металл. 21 ноября 1925 г. его исключили из списков флота. Снятые с корабля 203-мм башенные орудия были установлены на форте «Передовой» («Серая Лошадь») Кронштадтского Оборонительного района. Во время Великой Отечественной еойны они использовались для обороны так называемого Ораниенбаумского пятачка.