Боевые действия дивизиона истребителей обеспечивали переоборудованные пассажирские пароходы: в навигацию 1918 года – «Михаил», а в навигацию 1919 года – «Кашин», и в навигацию 1920 года – «Иртыш». На этих пароходах размещались склады боеприпасов и продовольствия, ремонтная мастерская и лазарет.
После освобождения Казани от белых (12.09.1918 г.) 5-й дивизион истребителей пошел вверх по Каме, преследуя белую флотилию.
В сентябре 1918 г. у Чистополя катер № 309 пошел вверх по течению в разведку, где за ним погнались четыре корабля белых и преследовали еще 25 верст вниз по реке. Но из-за превосходства в скорости катер № 309 сумел уйти.
6 ноября 1918 г. канлодки ГВИУ (№№ 307, 308, 309, 310 и 311) закончили кампанию и ушли зимовать в Нижний Новгород.
5 мая 1919 г. все пять канлодок были введены в строй. Первоначально их всех собирались отправить на Каму для борьбы с колчаковской флотилией.
К весне 1919 г. часть канлодок была перевооружена. На канлодках № 6 (№ 311), № 7 (№ 308) и № 8 (№ 309) осталось прежнее вооружение: по две 76-мм горные пушки обр. 1909 г. и по два пулемета, а на канлодках № 3 (№310) и № 4 (№ 307) взамен прежних пушек было установлено по две одноствольных 47-мм пушки Гочкиса. Такая замена резко снизила огневую мощь канлодок. 47-мм пушки имели несколько большую скорострельность, чем 76-мм горные, но зато их единственным снарядом была 47-мм граната с ударным взрывателем. содержавшая от 20 до 90 гр. ВВ, и притом обычного черного пороха. 76- мм фугасная граната содержала 800 гр. тротила, мало того, в боекомплект горной пушки входили превосходная шрапнель и химические снаряды. Причины замены 76-мм пушек 47-мм автору установить не удалось. Выход из строя горных пушек маловероятен, к примеру, живучесть стволов их намного превышает 10 тыс. выстрелов. Скорей всего, кому-то зимой приглянулись горные пушки, и их попросту «увели», а взамен поставили 47-мм пушки, присланные осенью 1918 года из Петрограда для вооружения Волжской флотилии. Время было революционное.
Той же осенью 1918 года комиссар Волжской флотилии (бывший матрос) П. Г. Маркин ворвался с вооруженными пьяными матросами на товарную станцию Нижний Новгород и силой отбил у охраны Центроброни пушки, предназначенные для установки на строившиеся в Нижнем бронепоезда. И ничего, сошло.
Однако на Каму было отправлено только три канлодки: №№ 307, 308 и 309. На Каме канлодки ГВИУ особенно ничем не отличились. В основном они использовались для разведки и обстрела берегов.
Так, к примеру, 12 мая 1919 г. канлодка № 307 обстреливала противника у устья реки Шешмы из двух 47-мм пушек Гочкиса. Ясно, что больших потерь от этих пушек быть не могло.
3 июля 1919 г. три канонерки ГВИУ закончили кампанию на Каме и ушли на ремонт в Нижний Новгород.
Две канлодки (№ 310 и № 311) 9 мая 1919 г. было решено включить в состав вновь формируемой красной Донской флотилии. Канлодки № 310 и № 311 17 мая были отправлены из Саратова по железной дороге на Дон. 20 мая они прибыли па пристань Лиски. Найти данные о боевых действиях канлодок № 310 и 311 па Дону не удалось. Любопытно, что Донская красная флотилия довольно интенсивно применяла 76-мм химические снаряды для борьбы с кулачеством (обстрелы сел Матюшенсксе, Рубежное и др.).
В связи с наступлением белых 29 июня 1919 г. красные приступили к ликвидации Донской флотилии, и канлодки № 310 и 311 были отправлены но железной дороге из Лисок назад в Саратов.
Осенью 1919 года развернулись тяжелые бои с Кавказской армией барона Врангеля, захватившего Царицын. 14 августа 1919 г. к Царицыну прибыл 5-й дивизион истребителей, в составе которого были канлодки №№ 307, 308, 309, катера-истребители и плавбаза «Иртыш». 12 сентября 1919 г. к ним присоединились «донские катера» №№ 310 и 311.
К этому времени канлодки № 307 и 308 имели по две 47-мм пушки и но два пулемета; канлодка № 309 – две 76-мм горные пушки обр. 1909 г. и два пулемета: канлодка № 310 – одну 75-мм, одну 47-мм пушку и два пулемета. Что означает в документе «I – 75-мм», сказать трудно, то ли это 75/50-мм корабельная пушка Кане весом свыше 2-х тонн и с очень хорошей баллистикой, по такая пушка могла при стрельбе просто развалить 25- тонный катер. Или это опечатка, или вообще пьяный матрос издал приказ об установке 75/50-мм пушки и забыл о нем, а на самом деле установили без затей вторую 47-мм пушку.
8 сентября у северного предместья Царицына истребители 5-го дивизиона попали под огонь белых. Канлодки № 308 и 309 выбросились на берег, команды разбежались. Через несколько дней канлодки сняли с мели пароходы Волжской флотилии. Царицын белые оставили уже после ледостава.
В июле 1920 г. Волжско-Каспийская флотилия была расформирована. Мореходные суда были переданы Каспийскому флоту, а речные – «Рупводу». К этому времени две канлодки ГВИУ находились в Самаре и три – в Астрахани. На Волге они были не нужны, и их решили отправить в Среднюю Азию.