О предоставлении Украинской Православной Церкви независимости и самостоятельности в управлении говорилось в обращении, которое православный епископат Украины направил 9 июля 1990 года в адрес Священного Синода РПЦ. На следующий день Синод УПЦ принял постановление о мерах, направленных на дальнейшее расширение автономии УПЦ, чтобы, так сказать, противостоять унии и расколу. В итоге, Архиерейский Собор РПЦ, состоявшийся 25-27 октября 1990 года, определил: «1. Украинской Православной Церкви предоставляется независимость и самостоятельность в ее управлении. 2. В связи с этим наименование «Украинский экзархат» упраздняется. 3. Предстоятель УПЦ избирается украинским епископатом и благословляется Святейшим Патриархом Московским и всея Руси…». Глава УПЦ с титулом «Митрополит Киевский и всея Украины» стал постоянным членом Священного Синода РПЦ. На следующий день после окончания работы Архиерейского Собора, 28 октября, патриарх Московский Алексий II прибыл в Киев для торжественного провозглашения независимости УПЦ, даруемой ради преодоления раскола и водворения мира церковного.
В день приезда патриарх Алексий, с трудом прорвавшись сквозь пикеты украинских националистов, совершил Божественную литургию в Софийском соборе Киева. Перед началом он даровал митрополиту Киевскому и всея Украины Филарету грамоту о независимости Украинской Церкви. В патриаршей грамоте объявлялось: «Украинская Православная Церковь, соединенная через нашу Русскую Православную Церковь с единой святой соборной и апостольской Церковью, без соборного решения всей Православной кафолической Полноты да не изменяет у себя ничего, что касается догматов веры и святых канонов». Фактически УПЦ получила полную самостоятельность, по сути Автокефалию, сохраняя каноническое единство с Московским патриархатом. Патриаршее богослужение было омрачено манифестацией, которую устроили активисты «Руха» и других националистических движений. Вскоре после дарования УПЦ независимости патриарх Алексий направил в адрес украинского правительства официальное письмо, в котором объявил об отказе РПЦ от прав на собственность и имущество, до сих пор принадлежавшие ей на территории Украины. Правопреемницей РПЦ на Украине объявлялась УПЦ.
В это время как никогда силен был авторитет журналистов, приближенных к Горбачеву. Наиболее популярными были два издания – журнал «Огонек», главным редактором которого был украинец Виталий Коротич, и газета «Московские новости», которую возглавлял Егор Яковлев. Митрополит Владимир (Сабодан) весной 1991 года обратился за помощью к Виталию Коротичу. Он направил в Киев известного журналиста, Александра Нежного. Лето 1991 года он провел в Киеве, скрупулезно занимаясь изучением биографии митрополита Филарета. 19 августа в Москве произошел путч. Михаил Горбачев был временно отстранен от власти. Александр Нежный вернулся в Москву, прервав на время работу. Но уже 21 августа стало ясно, что путч провалился. Горбачев вернулся в Москву. Но власть уже ускользала из его рук. Это было время, когда РПЦ жила своей жизнью и никто из государственных чиновников, особенно после упразднения Совета по делам религий, не вмешивался в ее жизнь. Это было время неслыханной свободы.
Только в атмосфере этой свободы объясним поступок епископа Иоанафана (Елецких). Летом 1991 года епископ Ионафан, управляющий делами УПЦ, привез в Москву патриарху Алексию II рапорт, который начинался так: «…предстоятель Украинской православной церкви митрополит Киевский и всея Украины Филарет (Денисенко) не может канонически законно возглавлять и управлять Украинской православной церковью ввиду того, что на протяжении нескольких десятилетий ведет немонашеский семейный образ жизни с некоей Евгенией Петровной Родионовой, не состоящей с ним в родственных отношениях, матерью его троих детей». Епископ Ионафан после поездки в Москву был не только смещен с поста управляющего делами, но и лишился епископского сана и был запрещен в священнослужении. Однако этот поступок опального епископа не получил широкой огласки в Москве. Видимо, революционные преобразования в российском обществе немыслимы без попа Гапона. Эту роль на Украине талантливо сыграл епископ Ионафан3.