Чувствовалось, что идеи его гораздо радикальнее лютеровских. Мир погряз в грехах и пороках, говорил Мюнцер. Можно ли исправить его преобразованием одной только церкви? Нет, нужен коренной, глубинный переворот, который всю жизнь общества перестроит на основании законов евангелия и всех сделает счастливыми. Городская беднота, собираясь на проповеди Мюнцера, ловила каждое его слово. В речах нового проповедника плебеи находили выражение своих смутных надежд и невольно тянулись к нему. Магистрат, встревоженный деятельностью Мюнцера и его огненными речами, велел арестовать нескольких близких к нему людей. Готовились схватить самого Мюнцера, но в ночь на 16 апреля 1521 г. он успел бежать из города. Имя его с тех пор обретало все большую известность.
В основе вероучения Мюнцера лежало понимание мира как частного, которое относится к Богу как к общему и целому. Космический порядок виделся ему в том, что все частности должны признавать полное преобладание и господство общего начала. Именно таков идеальный Небесный мир, где царит божественная гармония совершенства. В отличие от него наш земной и плотский мир является миром творений, потерявших свое единство с Богом и потому пребывающих в изолированном состоянии. Грехопадение Адама в том и состояло, что он увлекся частными интересами во вред целому. С тех пор люди находятся во власти творений, то есть своих плотских, частных интересов, и задача христианства заключается в том, чтобы помочь им вернуться к Богу. Исходя из этого фундаментального положения, Мюнцер представлял развитие мира, как постепенное торжество нравственной идеи подчинения частных интересов общему.
Другая важная сторона вероучения Мюнцера состояла в мистическом понимании сути божественного откровения. Он не мог и не желал мириться с усиленно насаждаемым в период Реформации представлением о Священном Писании, как о единственном источнике божественной истины. Ему казалось странным и нелепым разделяемое многими положение, что Господь, сотворивший человека, устранился потом от прямого руководства им, оставив вместо Себя во многом путанную и неясную Библию.
Нет, говорил Мюнцер, Бог продолжает находиться в прямом и непрерывном общении с людьми и изрекает Свое слово прямо во внутренность их душ. Но, разумеется, не каждому дано слышать Бога. Для того чтобы Слово Божие вошло в душу, она должна воздерживаться от всякой похоти и пребывать в состоянии глубочайшей скорби, печали или сокрушения. Лишь тогда к ней приближается Бог. Именно поэтому грешники не слышат Его. «Если человек желает достичь божественных откровений, — писал Мюнцер, — он должен удалиться от всех утех и иметь мужество познать истину».
В состоянии «слияния с Богом» человек мыслит и действует в соответствии с божественной волей и потому вправе оспаривать авторитет любых церковных интерпретаций Библии. Мюнцер учил, что «пергаментная Библия» — это только внешняя Библия, которая должна постоянно получать подтверждение в настоящем Священном Писании, начертанным в человеческих сердцах «живым перстом Божьим». «Если ты даже пожрешь Библию, — говорил он, — это тебе не поможет; ты должен взять острый плуг, которым Бог вырывает плевелы из твоего сердца». Сам Мюнцер не испытывал по отношению к букве Священного Писания никакого трепета — на свой лад толковал любые тексты, перекраивал в проповедях учение пророков, часто вкладывая в их уста фразы, которых не было в Библии. Вместе с тем он безразлично относился к церковной обрядности и внешней стороне религии вообще. Значение духовенства и церкви Мюнцер никогда не ставил высоко и потому не отводил им какой-либо мистической роли в «обожествлении человека». Церковь может помогать этому, но может и мешать. Точно так же в таинствах он ценил только их духовное содержание (то, что помогает усвоению религиозной идеи), а не внешний акт, и считал, что каждый может совершать их так, как ему угодно.
Главную цель Реформации, в отличие от Лютера, Мюнцер видел не в преобразовании церкви, а в полной перестройке жизненного уклада по христианским законам.