Разразившуюся затем Крестьянскую войну он воспринял как начало времен Апокалипсиса, как всеобщее устранение злодеев и нечестивцев, которое Бог осуществляет руками народа. Устоявшееся представление о том, что в конце света, во время Страшного суда Бог Сам «отделит зерна от плевел», вызывало у него только горькую усмешку. Нет, говорил он, мировой переворот должен начаться в рамках земного мира и произойти благодаря насильственным действиям верных ревнителей дел Божьих. Антихрист будет сокрушен руками людей, которыми овладеет Дух Божий. Эта идея была центральной во всем учении Мюнцера. Освобождение мира от власти зла или его «оправдание», учил он, находится в самом мире. «Ясно как день, — писал Мюнцер, — что Бог поручает избранным совершать насилие над Его противниками…» Не Бог, а сам человек должен утвердить в мире божественный закон, который, как уже говорилось выше, заключается в господстве общего начала, обязательного для всех частей. Поскольку удовлетворение частных наклонностей в ущерб общественным есть зло противное Богу, исходной нормой человеческого поведения должно сделаться преобладание общего принципа и общей выгоды. Ибо в «общем» воплощено само божественное начало. Равным образом должны быть подавлены все те политические и социальные учреждения, которые охраняют частные привилегии и интересы в ущерб общественным. Под грядущим Царством Божьим Мюнцер понимал такой общественный порядок, в котором не будет ни классовых различий, ни частной собственности, ни обособленной, противостоящей членам общества государственной власти. То есть такой строй, когда все помыслы и имущества станут общими и установится равенство. Только тогда, писал Мюнцер, «народ сделается свободным, и один только Бог будет его господином». Вследствие этого он был решительным противником частной собственности и частных интересов. Он говорил: «Согласно требованиям христианской любви никто не должен возвышаться над другим, каждый человек должен быть свободным».
Из Цвиккау Мюнцер отправился в Чехию. Он надеялся, что на родине Яна Гуса, где еще свежи были воспоминания о гуситах, его проповедь будет иметь больший успех.
Действительно, поначалу его встретили в Праге с большим воодушевлением, так как видели в нем сторонника Лютера, имя которого было у всех на устах. Но, после того как Мюнцер выступил с несколькими проповедями, радикализм его идей показался членам магистрата опасным. Власти стали чинить Мюнцеру препятствия и весной 1523 г. выслали его из Чехии. Некоторое время Мюнцер прожил в Нордхаузене. Затем ему удалось получить; место проповедника в Альштедте — небольшом городке, который лежал во владениях саксонских князей. Поселившись здесь, Мюнцер много писал, проповедовал и приобрел большое влияние на своих прихожан. Одновременно с Лютером, или даже немного раньше, он отменил все католические обряды, ввел богослужение на немецком языке и распорядился читать народу не только тексты апостольских посланий, но и всю Библию.
Тогда же Мюнцер женился на бывшей монахине Оттилии, ушедшей из монастыря. На Пасху 1524 г. она родила ему сына.
Вскоре Альштедт стал главным центром Реформации во всей Тюрингии. В своих проповедях Мюнцер призывал относиться к католическими храмам, как к идольским капищам. Вдохновленная им толпа в марте 1524 г. сожгла в Маллербахе часовню, знаменитую своей чудодейственной иконой. Дело это наделало много шума и обратило на Мюнцера общее внимание.
В июле того же года в Альштедт, чтобы послушать здешнего проповедника, прибыли саксонские курфюрсты Иоанн и Фридрих Мудрый. Мюнцер мог выбрать для проповеди нейтральную тему, но не пожелал смягчать обычный резкий тон своих речей. Он выступил перед князьями с толкованием второй главы из книги пророка Даниила, придав ее содержанию апокалиптический смысл. Современный мир, говорил он, погрязший в пороках, близок к своему концу. Развратных правителей и безбожных попов ждет кара. Если князья не хотят быть сброшенными с престола, они должны помочь народу в его освобождении. «Оставьте пустую болтовню, будто сила Божия должна сделать это без помощи вашего меча, — говорил Мюнцер — Тех, кто противиться божественному откровению, следует убивать без всякого милосердия… ибо иначе христианская церковь не сможет вернуться к своим исконным началам. С наступлением жатвы следует вырвать плевелы из вертограда Божья. Господь сказал «Не жалейте безбожников, разбейте их алтари, разбейте и сожгите идолы их, чтобы гнев Мой не обрушился на вас». Курфюрсты были немало смущены дерзостью Мюнцера.
Однако дух времени был таков, что они покорно выслушали проповедь до конца и даже разрешили ее напечатать. Только книга Лютера «Послание саксонским князьям о мятежном духе» открыла им глаза. Лютер первый почувствовал, к чему клонятся выступления Мюнцера, и писал Фридриху: «Я обращаюсь к вам только потому, что понял из его писаний, что этот сатана не ограничится словами, а намерен пустить в ход кулаки, применить силу против властей и поднять настоящий бунт».