На Мюнцера начались гонения. Его типографию закрыли. Опасаясь ареста, он в начале августа ушел из Альштедта и переселился в свободный имперский город Мюльхаузен. Тут он написал свой ответ Лютеру — памфлет «Защитительная речь», полный резких личных выпадов и ругательств. Эта книга ознаменовала его открытый разрыв с «виттенбергским папой». Между тем выступления Мюнцера становились все более непримиримыми. В своих проповедях, обращенных к горожанам, он говорил, что мюльхаузенцы не обязаны подчиняться никакой власти, не должны платить кому-либо подати и что католическое духовенство должно быть изгнано. Он призывал ввести в городе власть общины и таким образом установить принцип справедливости и общей пользы, ликвидировав всякую возможность злоупотреблений. Семя его учения вскоре дало всходы в Мюльхаузене начались погромы монастырей и церквей: плебеи разбивали статуи, рвали священные покровы, швыряли в грязь иконы. Дальше больше — появились требования отмены всех налогов и поборов, изгнания попов и передачи власти общине, которая изберет Вечный совет и будет руководствоваться в свой политике божьим словом. При виде неистовой толпы бургомистры и члены совета поспешили скрыться. С немалым трудом магистрату удалось отстоять власть. Мюнцер был вынужден бежать.
В конце сентября вместе со своим другом бывшим монахом Пфейфером он отправился в Южную Германию. Здесь, в Южном Шварцвальде и смежных австрийских землях, уже разгорался пожар великой Крестьянской войны. Именно там сложились первые боевые отряды крестьян и был впервые выдвинут лозунг «божественной правды». Подробности пребывания здесь Мюнцера нам неизвестны. Его последователи активно действовали по всей Южной Германии, но сам он большей частью оставался в Гриссене, на шафхаузенской границе. К началу 1525 г. вся страна между Дунаем, Рейном и Лехом находилась в состоянии величайшего возбуждения. В феврале за оружие взялись верхнешвабские крестьяне, и вскоре число восставших здесь превысило 30 тысяч человек.
В середине февраля Мюнцер вернулся в Мюльхаузен, где после народного возмущения набрал большую силу его друг Пфейфер. Теперь ничего не мешало претворить в жизнь социальную программу Мюнцера. В своих проповедях он призывал ввести в городе «евангельское правление» — распустить магистрат и передать власть Вечному совету. 17 марта большинство горожан высказалось за роспуск магистрата. В тот же день был выбран Вечный совет. Мюнцер не занял никакой официальной должности. Но он присутствовал на каждом заседании совета и объявлял, насколько то или иное решение соответствует «божьему слову». Фактически он и Пфейфер управляли городом.
Повсеместно было отменено католическое богослужение, а имущество церквей продано с публичных торгов. По всей Швабии полыхали крестьянские восстания. В соседних областях — Гессене, Саксонии и районе Гарца — также шла активная подготовка ко всеобщему восстанию, к чему Мюнцер приложил немало сил. Он писал письма, рассылал во все стороны эмиссаров и гонцов и постоянно выступал с проповедями.
Обращаясь к крестьянам, он говорил, что нынешняя война начата Самим Богом и что в ней должны погибнуть все враги истины. Только таким образом мир может быть очищен от греха и несправедливости. Он провозглашал, что впредь над народом не должно быть никакой власти, ибо этого требует божье право, и призывал простолюдинов к истреблению господ. Всеми возможными способами он, словно ветхозаветный пророк, разжигал ненависть к дворянам и попам, пробуждая самые бурные страсти. Его горячие воззвания как искры разлетались по стране. В Тюрингии, в Эйхсфельде, в Гарце, в саксонских герцогствах, в Гессене, Фульде, в Верхней Франконии крестьяне повсеместно поднимали восстание, собирались в отряды, жгли замки и монастыри. Мюнцер был более или менее признанным вождем всего движения, а Мюльхаузен оставался его центром. Один из руководителей княжеской партии ландграф Филипп Гессенский писал в апреле, что «Мюльхаузен является основой и началом всех несогласий и волнений, и все мятежные действия вытекают из него, как из ключа».
Князья Тюрингии поначалу растерялись и оказались не в состоянии справиться с крестьянами. Лишь в последних числах апреля ландграфу Филиппу удалось собрать войско и начать против восставших успешную войну. Тогда же Мюнцер совершил поход в Эйхсфельд. По пути были разрушены несколько замков и монастырей, а в Хейлигенштадте и Лангензальце установлено правление по образцу мюльхаузенского.
В начале мая Мюнцер с отрядом добровольцев двинулся на помощь восставшему Франкенхаузену. Под этим городом собрался большой крестьянский отряд, насчитывавший, по некоторым данным, 8 тысяч восставших. Впрочем, крестьяне были плохо вооружен и недисциплинированны, в их рядах насчитывалось очень мало бывших солдат и совершенно не было способных военачальников.
Едва Мюнцер встал во главе франкенхаузенского отряда, пришло известие, что приближается объединенное войско князей. Первые легкие стычки произошли 14 мая.