Однако к этому времени Лютер имел столь могущественных покровителей, что мог не опасаться даже императора. Саксонский курфюрст Фридрих Мудрый укрыл его в своем замке Вартбург. Здесь, в уединении, Лютер много и напряженно работал. Кроме нескольких трактатов и полемических сочинений, он написал в Вартбурге главный труд своей жизни — перевод Библии на немецкий язык. Перевод Нового Завета был закончен уже в 1523 г., но перевод Ветхого затянулся еще на десять лет. Подобно своим предшественникам в деле библейского перевода — Уиклифу и Гусу — Лютер столкнулся с огромными лингвистическими трудностями. Как такового немецкого литературного языка еще не существовало. Стараясь как можно точнее передать дух подлинника, Лютер порой приходил в отчаяние. В одном из своих писем он признается: «Милосердный Боже! Какой громадный и тяжкий труд заставить говорить по-немецки еврейских пророков, которые так противятся этому и не хотят подражать варварскому языку немцев!» Тем не менее этот труд удался Лютеру почти в совершенстве. И по сей день в Германии его перевод считается непревзойденным. Но помимо чисто литературного значения перевод Священного Писания был очень важен для дела религиозной реформы. Благодаря ему в руках народа впервые оказалось чистое учение Библии, без всяких комментариев от лица церкви. Теперь уже святые отцы не могли составлять новые догматы, а мирянам не приходилось принимать их на веру. Библия, единственный источник религиозных верований, проникла благодаря Лютеру во все слои немецкого общества и сделалась в каждом доме настольной книгой.
В марте 1522 г. Лютер вернулся в Виттенберг и приступил к реформе богослужения.
Вся пышность католической мессы была отменена, а в центр богослужения поставлена проповедь. Вводилось духовное пение, причем Лютер сам сделал стихотворное переложение псалмов и сочинил к многим из них музыку. Эти песни, быстро распространившиеся по Германии, сослужили очень важную службу делу Реформации.
Новое учение с каждым днем обретало все больше приверженцев. Особенно в вольных имперских городах. В 1523–1524 гг. лютеранство утвердилось в Магдебурге, Франкфурте-на-Майне, Галле, Нюрнберге, Улме, Страсбурге, Бреславле, Бремене.
Многие князья также открыто выказали ему сочувствие. Первым к Реформации присоединился гроссмейстер Тевтонского ордена Альбрехт, превративший свое владение в герцогство Прусское. Многочисленные последователи появились у Лютера и в других европейских государствах, в особенности в Швейцарии.
Но вскоре Реформация приняла неожиданный для Лютера оборот. К религиозным идеям все больше стали примешиваться социальные. Среди огромного числа проповедников, разносивших по стране новое учение, оказалось немало таких, кто призывали к отмене крепостного права, земельной реформе и переделу собственности. Под их влиянием в 1525 г. вспыхнула Крестьянская война. Правда, Лютер с самого начала отмежевался от восставших. В своей брошюре «Против кровопийц и мятежников-крестьян» он призвал князей убивать непокорных бунтовщиков, как бешенных собак, обещая в награду за эти подвиги Царствие Небесное. Спустя несколько месяцев восстание было потоплено в потоках крови.
Этот роковой год, оставивший такой печальный след в истории немецкого крестьянства, нанес также огромный вред делу Лютера. Как он и опасался, католики не замедлили указать на тесную связь между церковными преобразованиями и общественным переворотом, выставив реформатора истинным виновником восстания.