Результатом было то, что во многих землях не только Южной, но и Средней Германии, государи которых до сих пор сохраняли выжидательное положение, начали усердно подавлять реформаторское учение, изгонять проповедников и даже предавать их казни. После 1526 г. лютеранство удержалось только на севере страны — в Саксонии, Гессене, Бран-денбурге, Вюртенберге и Брауншвейге. Католическая реакция торжествовала. На Шпеерском имперском сейме 1529 г. большинство имперских чинов и князей осудили учение Лютера. Поддержку ему оказали лишь 5 князей и 14 имперских городов. Они объединились в союз и составили «Протестацию», в которой выразили свое несогласие с решением сейма (с этого времени сторонников Реформации стали именовать протестантами). На следующем, Аугс-бургском сейме 1530 г. Лютер не присутствовал. Во главе протестантских теологов находился его друг Меланхтон. Составленное им исповедание веры, ввиду неблагоприятного времени, отличалось крайней умеренностью, и только непримиримая позиция католиков, добивавшихся полного искоренения «ереси», помешала тогда примирению партий. Однако то была временная уступка. Окончательно восторжествовать над своими противниками католики уже не имели сил. В начале 1531 г. протестантские князья заключили в Шмаль-кальдене союз с целью взаимной обороны на случай нападения. Увидев, что его противники готовы с оружием в руках отстаивать свою веру, Карл V смягчил свои требования, и в 1532 г. было заключено компромиссное соглашение, по которому протестанты могли сохранять свое вероисповедание вплоть до созыва общецерковного собора. При жизни Лютера его учение распространилось помимо Северной Германии также в Скандинавии: в 1536 г. лютеранство приняла Дания (вместе с входившими в ее состав Норвегией и Исландией), а в 1544 г. — Швеция.
Впрочем, не только внешние обстоятельства повлияли на суть проводимой церковной реформы — взгляды самого Лютера после Крестьянской войны стали заметно консервативней. Присущий его ранним проповедям дух демократизма совершенно отсутствует в его позднейших работах. Так, к примеру, он отказывается от принципа всеобщего священства, когда члены местных евангелических общин могли сами выбирать своих духовных пастырей. Поначалу такое устройство новой церкви казалось Лютеру наиболее правильным. Но после 1525 г. он осознал, что сильно идеализировал немецкий народ. В дальнейшем его разочарование только возрастало. В 1527 г. по просьбе саксонского курфюрста Лютер совершил несколько «визитаций» — поездок в саксонскую «глубинку». (По сути дела, он до этого и не знал ее по-настоящему.)
Увиденное страшно поразило его. По возвращении, Лютер немедленно засел за работу над двумя катехизисами — большим (для учителей и пасторов) и малым (для народа), ставшими в дальнейшем основными вероисповедными книгами лютеранской церкви. В предисловии к катехизису Лютер писал: «Боже мой! Каких вещей не насмотрелся я! Простой народ решительно ничего не знает о христианском учении, особенно по деревням, и, однако, все называют себя христианами, все крещены и принимают св. Тайны. Ни один не знает ни молитвы Господней, ни символа веры, ни 10 заповедей, живут, как скоты бессмысленные…»
Можно ли было доверить таким людям выборы пасторов? И куда могла завести их свобода толковать по своему разумению Священное Писание? Оглядываясь вокруг, Лютер не находил в немецком обществе силы, которая была в состоянии без социальных катаклизмов провести его идеи в жизнь. Таковой силой могли стать только светские князья. С ними он и связал свою дальнейшую судьбу, отдав в их руки организацию новых евангелических общин и признав их светскими епископами подвластных им территорий. Так Реформация, которая до этого была воистину всенародным движением, стала после 1525 г. делом одних князей, то есть приняла чисто правительственный характер. Этим объясняется ее ограничительный и во многом сдержанный характер. Лютер и его сторонники сохранили большинство обрядов старой церкви, отменив только те, которые противоречили Священному Писанию.
Право толкования Библии, прежде признаваемое за каждым мирянином, было оставлено только за священниками. (Но при этом каждый прихожанин, читая евангелие на немецком языке, мог обличать проповедника в ложном толковании Слова Божия.) В целом сохранилась церковная организация во главе с епископами (однако подчинялись они уже не папе, а светским князьям; кроме того, реформированная церковь лишилась всех своих земельных владений). Оставляя за священниками многие из принадлежавших им ранее религиозных функций, Лютер вместе с тем старался поднять религиозную сознательность народа. Он много хлопотал о повсеместном учреждении начальных школ, о развитии университетов и пересмотре программ обучения. Первым в Германии Лютер высказал мысль, что обучение должно быть обязательным, а для детей неимущих классов — даровым.