Наибольшей организованностью Крестьянская война отличалась на первом ее этапе — с сентября 1773 года по март 1774 года. Именно в это время с большой активностью действовали Военная коллегия, походная канцелярия, ближайшее окружение Пугачева, составляющее как бы штаб при нем, руководивший всем движением, осуществлявший или, во всяком случае, пытавшийся осуществлять руководящие, координаторские функции. Повстанческие учреждения, предводители сделали все, что могли, для вооружения своего воинства, его снабжения. Правда, несмотря на все усилия, эту задачу решить в целом не удалось — постоянно не хватало орудий, ружей, пороха, зарядов.
В армии и отрядах восставших ввели присягу — они принимали ее, стоя на коленях; в конце церемонии все кричали:
— Готовы тебе, надежа-государь, служить верою и правдою!
Пугачев, коллегия в специальных указах, повелениях предупреждали, чтобы в их рядах не было мародерства, грабежей. Ослушникам грозили тяжелыми наказаниями. По словам И. Почиталина, Пугачев «грабительства безвинных людей… не любил, а потому многих, в том провинившихся, вешал без пощады». Это дисциплинировало участников движения и способствовало привлечению симпатий простого народа к восстанию, самому Пугачеву.
Отличившихся Пугачев, другие предводители награждали деньгами, одеждой, сукнами, хлебом и другим продовольствием. Вручали также медали.
Провиант и фураж, захваченный в крепостях, городах, на заводах, охраняли, распределяли. Повстанцы, осаждавшие Оренбург, получали хлеб, испеченный в печах Сеитовской слободы и Чернореченской крепости. Кроме того, в Берде хлеб свободно продавали на рынке «довольною ценою», но не выше, чем было до восстания. Выдавалось и мясо, для этого скот из боярских имений сгонялся в ту же Берду. Хлеб и скот конфисковали не только у помещиков, но и у богатых крестьян, выступавших против Пугачева, брали на складах, принадлежавших местным властям и воинским командам. Для этого посылали специальные отряды. Например, Военная коллегия направила отряд атамана Арапова на Самарскую дистанцию, отряд атамана Давыдова — в Бугурусланскую слободу для добывания провианта. Первому из них коллегия приказывала (указ 18 декабря 1773 года) «имеющийся в окрестных селениях барской всякого рода хлеб приказывать, кому способно, немолочено — молотить, а намолоченный — молоть, и, смоловши, присылать в здешнюю армию (то есть в Бердскую слободу. —
Подобные меры привели к тому, что армия Пугачева на первом этапе войны не страдала от недостатка провианта. После его поражения под Оренбургом и ухода от него губернатор 8 апреля 1774 года сообщал императрице, что «в бывшем стане самозванца найдено столько продовольствия, что пятнадцатитысячное население города было обеспечено им на десять дней».
Местные повстанческие отряды, действовавшие самостоятельно, нередко далеко от главного войска, тоже снабжались путем конфискации помещичьего хлеба и скота, овса и сена. Когда этого не хватало, обращались к крестьянам, вручая им расписки (впоследствии-де расплатятся). Местные жители не только давали восставшим все необходимое, но и заготавливали продовольствие на будущее; они «во всех почти жительствах… безоговорочно давали на службу людей, так и провиант и фураж».
При Пугачеве имелась «государственная казна», которой заведовал Шигаев. В нее шли конфискованные деньги, ценности из правительственных учреждений, помещичьих имений, а также суммы, вырученные от продажи соли и вина. Из казны выплачивали жалованье повстанцам, давали им награды, платили деньги за провиант, фураж. То же делали в отрядах атаманы, имевшие свою казну. Выплаты производились нерегулярно — в зависимости от того, «как деньги случатся». Помимо собственно повстанцев, деньги, «заработную плату» получали из рук атаманов работные люди уральских заводов. Их семьи в условиях восстания, нередкой остановки работ могли бы иначе оказаться в сложных, безвыходных условиях, и повстанцы заботились о них.