Суд сначала осуществляли сам Пугачев и его атаманы на местах. С учреждением же Военной коллегии все серьезные дела (по которым могла угрожать смертная казнь) перешли в ее ведение. О том вышел ее специальный указ: «Чтобы впредь некому смертной казни не чинить, но посылать виновных в Берду». Ослушников, не подчинявшихся указу, надлежало присылать в «Государственную военную коллегию за караулом», то есть под охраной. Указ, как правило, исполнялся. В коллегию привозили со всех сторон помещиков, чиновников, всех, кто в глазах восставших являлся «злодеем», изменником их делу. Виновных казнили. В случае, если доказательства вины в глазах судей Военной коллегии были недостаточными, виновных отпускали, а они давали клятву в своей невиновности. Судебное разбирательство происходило устным порядком, приговор же часто писали на бумаге и зачитывали всем присутствующим.
Для связи Бердской слободы с отрядами, атаманами существовала «подводная гоньба», «нарочная почта» (посылали ямщиков на санях, подводах, нарочных с поручениями, бумагами).
Военная коллегия под Оренбургом перестала существовать с 1 апреля 1774 года, после поражений Пугачева. Ее бумаги по приказанию «государя» сожгли при отступлении на хуторе Углицком («все производимые в Военной коллегии дела»). Большинство ее членов, работников погибли в боях, попали в плен. Впоследствии на Урале Пугачев снова создал ее. Но она имела уже немного членов, занималась в основном делами, связанными с руководством, так сказать, полевыми военными делами. Во главе коллегии встал И. Творогов, будущий изменник, секретарем — Иван Яковлевич Шундеев, повытчиком — Александр Седачев, из работных людей Вознесенского завода, позднее, после его гибели у крепости Магнитной, — Григорий Туманов, переводчик конторы Воскресенского завода, один из самых боевых и активных пугачевских атаманов, действовавший в районе Челябинска и Миасса. Сражения с неизбежными потерями снова вели к заменам. Так, секретарем коллегии стал беглый мценский купец Иван Трофимов под именем Алексея Дубровского, повытчиком — Герасим Степанов, бывший ранее заводским конторским писарем. Они сопровождали Пугачева до последнего сражения у Черного Яра, в ходе которого первый попал в плен и умер от пыток, второй пропал без вести.
Весной и летом 1774 года коллегия не могла уже, не успевала руководить местными отрядами, хотя связь с некоторыми из них поддерживала. Главное, чем она занималась, — мобилизация сил и средств для главного войска Пугачева. По пути его следования она подчас создавала органы повстанческого самоуправления, но это были отдельные, хаотические попытки. В целом коллегия не могла более или менее серьезно вникать в подобные заботы.
Военная коллегия сопровождала Пугачева до его окончательного поражения, но в конце существования главной армии, когда она под ударами карателей стремительно отступала от Казани на юг по правобережью Волги, занималась делами эпизодически, импульсивно. Элементы организованности на втором (от Оренбурга до Казани) и особенно на третьем (от Казани до Царицына и Черного Яра) этапах становились все менее заметными.
Указанная эволюция повстанческих учреждений, прежде всего Военной коллегии, характерна и для войска Пугачева, его состава, вооружения, ведения борьбы с врагом. Главное, или большое, войско Пугачева делилось на полки («части», «команды», по казацкой терминологии). Они составлялись по разным признакам — социальному, национальному, территориальному. Имелись полки яицких казаков (командир — войсковой атаман Андрей Афанасьевич Овчинников), илецких казаков (Иван Александрович Творогов), казаков из Оренбурга и крепостей, форпостов, захваченных повстанцами (Тимофей Иванович Падуров), исетских казаков (Петр Захарович Балдин). Башкирский полк возглавлял Кинзя Арсланов, татарский (из Сеитовской или Каргалинской слободы) — Мусса Алиев и Садык Сеитов, калмыцкий (из Ставрополя на Волге) — Федор Иванович Дербетев, полк работных людей уральских заводов — Афанасий Тимофеевич Соколов-Хлопуша, «над заводскими крестьянами полковник», и т. д. Подпоручик Михаил Александрович Шванович, ставший у Пугачева «есаулом», «атаманом», возглавил полк пленных солдат.
Полки делились на роты по 100 человек в каждой во главе с сотниками, при них — есаулы, хорунжие. Всех командиров избирали на войсковом круге. Кандидатуры предлагал Пугачев или кто-либо из предводителей. Их обсуждали и утверждали «с общего согласия». Некоторые полковники по разрешению Пугачева сами «жаловали» в сотники, есаулы.
В войске, отрядах заводились казацкие порядки. Все объявлялись «государственными казаками». В них записывались крестьяне, работные люди и другие, которых остригали по-казацки. В полках и отрядах пытались заводить списки-реестры, но не всегда это удавалось из-за большой текучести их состава.
В главном войске под Оренбургом Пугачев проводил «учения», соревнования в воинском искусстве — устраивал скачки, стрельбы из ружей, пистолетов, орудий.