Деятельность Военной коллегии свидетельствует о попытках предводителей Крестьянской войны придать ей элементы организованности, даже известной централизованности. Но, естественно, они, эти элементы, не были ярко выраженными. Крестьянская война в целом, главном оставалась движением стихийным, слабо организованным во всех отношениях. Даже первые успехи отряда, затем повстанческой армии Пугачева, которые выражались во взятии крепостей и форпостов, удачных стычках и сражениях с правительственными силами, были результатом скорее не отличной организованности восставших, их умелых военных действий, их стратегии и тактики, а следствием массового порыва, отражением недовольства широких народных масс существующим порядком вещей, которые приводили к переходу, полному или частичному, на сторону Пугачева гарнизонов крепостей или воинских частей на поле боя. Во время же серьезных военных действий, как это было в ходе сражений с Каром на подступах к Оренбургу или Валленштерном, Наумовым под его стенами, повстанцы хотя и одерживали верх, заставляли их отступать, однако потери наносили им не очень сильные, ощутимые. Так бывало не раз, и эти успехи пугачевцев, важные сами но себе, не идут все-таки в сравнение с последующими победами над ними карателей, гораздо лучше организованных, вооруженных в отличие от «толпы», каковой нередко и выступают действительно войска, отряды восставших.
Тем не менее та военно-организационная работа, которая проводилась Пугачевым и его сподвижниками, Военной коллегией, походной канцелярией, несмотря на ее естественные недостатки, на невозможность наладить организацию в тех условиях, в которых им всем приходилось действовать (обширная территория, разнородное население, противодействие властей, карателей, отсутствие у восставших опыта, необходимого числа элементарно грамотных людей и многое другое), несмотря на все это, она имела огромное историческое значение. Ее результатом было возникновение своей, пусть несовершенной, неустойчивой, кратковременной, организации, руководства движением, противостоявшего официальным властям. Несмотря на то что этот опыт в дальнейшем не вылился и не мог вылиться в создание власти, которая пришла бы на смену существующему государственному управлению, он вошел в историческую традицию классовой борьбы, которая в своей эволюции выработала в будущем более высокие, качественно новые формы организации, борьбы с феодальным, потом капиталистическим строем.
Собственно говоря, Пугачев и его соратники, пытаясь хоть как-то организовать силы повстанцев, придать им некоторую стройность, боеспособность, укрепить дисциплину, вооружить свою рать, снабдить ее провиантом, фуражом, делали то, что позднее на ином качественном уровне, в других исторических условиях гораздо более успешно делали русские революционеры. Но, не обладая соответствующими знаниями, образованием, опытом, со знанием, они не могли, и объективно и субъективно, организовать дело так, чтобы довести свою борьбу до победы. Отсутствовало главное — социально-экономические и политические условия. В то время, когда они поднимались на восстания, уровень развития экономики в сельском хозяйстве и промышленности, сословно-классовой структуры (отсутствие пролетариата, буржуазии, которые могли бы взять в свои руки руководство движением) был таковым, что крестьяне, работные люди, казаки не могли достичь того, к чему стремились. Ни общая историческая обстановка, ни состояние классов, сословий, уровень их организации, сознания не давали для этого возможности.
Но это отнюдь не говорит о бесперспективности их выступлений, даже их реакционности, как считали в XIX — начале XX века некоторые буржуазные и мелкобуржуазные историки и писатели. Наоборот, их борьба, попытки, пусть слабые, неотчетливые, придать некоторые черты организации своим действиям означали не что иное, как накопление революционных традиций, хотя они не были революционными в том смысле, какой придавали этому слову в эпоху освободительного движения в России — в эпоху декабристов, революционеров-демократов, пролетарских революционеров.
Движение, несмотря на все черты организованности, в целом оставалось стихийным, слабо организованным — и главная армия, и местные отряды не имели, как правило, постоянного состава, хотя подчас ядро, основной костяк существовали довольно долго, и это относится не только к казакам, но и к некоторым группам работных людей, башкир. Но в основном повстанцы вели борьбу в пределах своей местности, отставали от движения, как только пугачевская армия, какой-либо отряд удалялись от их родных мест, и восстание в этом районе затухало.