Более того, поскольку во главе Крестьянской войны встал «император» Петр III Федорович, то вполне естественно, что он и его ближайшее окружение пытаются копировать Петербург, центральные власти в своих действиях, распоряжениях, бумагах. Рядом с «государем», в чьей роли выступает Пугачев, появляются «граф Чернышев» (Чика-Зарубин), многие полковники. Документы, обращенные с призывами и обещаниями к населению, именуются не иначе, как манифесты, указы, рескрипты. Создаются учреждения, копирующие те, что имеются в столице Российской империи, императорском войске. Получается переплетение крестьянско-казацких и государственных порядков и установлений. Первые идут от народного опыта. Вторые — от враждебного им государства, феодалов, но они им необходимы для «законности», камуфляжа. Главное здесь — в классовом содержании, классовых устремлениях. С этой точки зрения, например, манифесты Пугачева и манифесты Екатерины II — на разных, диаметрально противоположных полюсах. Первые зовут к классовой мести над феодалами, обещают простым людям волю, землю, равенство народов и вер. Вторые призывают сохранить статус-кво, то есть власть помещиков над крестьянами и другими «подлыми людьми», угрожают им всеми карами за выступление против власти феодалов. Такое же противоположное по существу своему содержание вкладывается обеими борющимися сторонами в деятельность сходных по названиям должностных лиц, учреждений. Граф Чернышев — один из главных карателей. Он посылал из Петербурга приказы войскам, направлял их против восставших. Его «двойник» в пугачевском лагере Чика-Зарубип во главе повстанческого войска ведет борьбу с карателями. Одним словом, восставшие, пугачевцы в том числе и особенно они, пытались в данном случае влить новое вино в старые мехи. Не всегда делали это умело — не хватало опыта, не было образования, но они делали так, как подсказывал исторический опыт их предшественников, крестьян и казаков, как диктовала сложившаяся обстановка. Они, по словам В.И. Ленина, «…боролись, как умели, как могли».
Главное достижение Пугачева и его помощников в плане организации повстанческих сил, управления на территории, охваченной восстанием, — создание руководящих центров. В первую очередь это Военная коллегия, главный военно-административный орган восставших. Создан он был в ноябре, вскоре после прихода в Бердскую слободу, которая на несколько месяцев стала местом пребывания Пугачева, его ставкой. К этому времени пламя Крестьянской войны распространилось на три губернии — Оренбургскую, Казанскую, Астраханскую. От их населения ежедневно поступали различные прошения, жалобы. Войско Пугачева в ноябре увеличилось до 10 тысяч человек, в следующем месяце — до 15 тысяч, в разных местах действовали пугачевские атаманы с отрядами, иногда довольно большими. Всеми ими нужно было управлять. Отовсюду приходили рапорты и другие документы, требовавшие ответов, распоряжений. Пугачев же был неграмотен.
Членами (судьями) Военной коллегии, которые и должны были рассматривать и решать дела, Пугачев назначил нескольких яицких казаков из своего ближайшего окружения. Это были представители казачьей верхушки, присоединившиеся к движению и стремившиеся держать под контролем выдвинутого Яицким войском «государя». Это сознавал сам Пугачев, который нередко жаловался: «…Улица моя тесна». Но он же был не прочь, чтобы Военная коллегия способствовала росту его авторитета среди восставших и населения, как «государя Петра III». Главным судьей коллегии стал Андрей Иванович Витошнов, бывший старшина, зажиточный яицкий казак, другими судьями — Максим Григорьевич Шигаев и Данила Гаврилович Скобычкин из Яицкого же городка, Иван Александрович Творогов из Илецкого городка. Грамоту из них знал только Творогов. Витошнов, кроме того, выступал в роли первого заместителя «государя» по руководству главным войском восставших, Шигаев — второго заместителя (в его ведении — казна войска, его снабжение продовольствием и фуражом), Творогов — командира полка илецких казаков, своих земляков. Думным дьяком коллегии Пугачев назначил Ивана Яковлевича Почиталина, составителя его первых манифестов; секретарем коллегии — Максима Даниловича Горшкова, тоже зажиточного казака с Илека и самого грамотного из казаков. Кроме того, в ней для делопроизводства имелись повытчики, обычно из бывших писарей, других грамотных людей; это Семен Супонев, Иван Герасимов, Игнатий Пустоханов, Иван Григорьев, первые двое — яицкие казаки, третий — бузулукский писарь, тоже из казаков, четвертый — из писарей завода Твердышева. Супонев, первый из назначенных Пугачевым повытчиков, стал со временем старшим среди них с титулом «коллежского повытчика». Имелись переводчики — Шванович (переписка, перевод писем на западных языках), Идыр Баймеков и его сын Балтай (на восточных языках).