На допросе в Москве Пугачев сказал, что как только «в Берду пришел, то приказал он Овчинникову, чтоб завести для письменных дел Военную коллегию». Применительно к коллегии говорится здесь в общей форме, что она должна была заниматься «письменными делами», то есть как будто только делопроизводством. По существу же, круг вопросов, которые были в ее ведении, — очень широк. Помимо составления манифестов, указов, других документов, судьи держали связь с местными очагами движения, крепостями, заводами, городами, селениями, вводили там органы казацкого самоуправления (круги — общие сходки, атаманы, есаулы и др.), направляли подчас их деятельность. Они же осуществляли функции судебного органа, ведая судом и расправой. С заводов они требовали и получали вооружение и припасы, со всей повстанческой территории — казну, продовольствие, фураж. Вопросы комплектования главного войска, назначение командиров, присвоение воинских званий, которые учредил «государь», наград (медали, денежные и другие поощрения), наблюдение за дисциплиной, пресечение мародерства и прочее — все это также входило в компетенцию главного органа движения. Помещалась Военная коллегия в Бердской слободе. Интересно при этом, что Овчинников, «заводивший», то есть организовывавший по указанию Пугачева Военную коллегию, сам в нее не вошел. То же можно сказать и о других ближайших сподвижниках Пугачева — Зарубине, Белобородове, Подурове, Соколове-Хлопуше.
Вероятно, объясняется это тем, что они в отличие от судей Военной коллегии, являвшихся администраторами, «бюрократами» движения, выступали в роли главных военных предводителей восстания, своего рода военного штаба при Пугачеве. Овчинников, войсковой атаман главного войска, возглавил и так называемую Особую походную канцелярию, руководившую боевыми действиями повстанческой армии.
Впоследствии, после поражения Пугачева и его главных сил под Оренбургом, функции обоих руководящих органов восстания, во-первых, слились; во-вторых, сузились до решения задач, связанных с набором в главное войско, состав которого постоянно в обстановке отступления, боев и поражений менялся, пополнялся и т. д.
Дела в Военной коллегии решались в основном устно. Но командирам давались письменные распоряжения, приказы о привлечении народа в главное войско, в отряды, действовавшие на местах, о доставке провианта, фуража, конфискации вооружения, припасов к нему в крепостях и на заводах, разгроме помещичьих имений и др. В ответ им присылались из отрядов бумаги от атаманов, полковников с сообщениями об исполнении приказов Военной коллегии. Составляли их писари, имевшиеся в отрядах, городах, селах, деревнях, на заводах. Назначали их из числа грамотных людей — писарей, священников, мулл, старост, крестьян, в городах — из купцов, дворян, офицеров. В полках и отрядах вели нередко списки (реестры) «служивых казаков» (с указанием, откуда, из какой деревни, завода и т. д., эти «казаки»).
Делопроизводство Военной коллегии было довольно обширным. Не все, конечно, сохранилось. Но и то, что от него осталось, позволяет заключить об ее известной налаженности. Манифесты и указы писали И. Почиталин и М. Горшков, помогал им Иван Петров — грамотный работный человек с уральского завода, то ли с Воскресенского, то ли с Белорецкого. При их составлении пользовались в качестве образца «книгой», в которой «были переплетены» «лучшие речи из разных печатных и письменных публичных указов», ее «где-то» отыскали Почиталин и Шигаев. Составлявшиеся пугачевскими грамотеями манифесты, по форме очень простые, понятные и безыскусные, имели в народе популярность чрезвычайную. Их везде читали, передавая друг другу, делали с них копии, пересылали в другие места. Распространялись они таким образом очень широко, как того требовал «император Петр Федорович» — «публиковать всенародно», пересылать «из города в город», «из крепости в крепость».
Документы, выходившие из Военной коллегии, соответствующим образом оформляли — они имеют подписи, печати. Иногда в качестве последних использовали печати-гербы отдельных дворянских родов. В других случаях — специально изготовленные печати, имевшие соответствующие надписи, например: «БГППТ. Имп. самодерж. Всерос. 1774» (то есть: «Большая Государственная печать. Петр Третий. Император самодержец Всероссийский. 1774»). Пугачевские атаманы имели свои печати, тамги (последние — в башкирских, татарских и других отрядах).