На Красной площади собралось множество столичных жителей. Толпа не желала расходиться. Самозванец был обеспокоен этим и выслал на площадь Б. Я. Бельского с несколькими другими членами думы. Бельский напомнил, что именно его царь Иван назначил опекуном при своих детях, и тут же поклялся, что укрывал царевича Дмитрия
Опасаясь за свою жизнь, самозванец немедленно сменил всю кремлевскую стражу. Как записал Масса, «казаки и ратники были расставлены в Кремле с заряженными пищалями, и они даже вельможам отвечали грубо, так как были дерзки и ничего не страшились».
В истории гражданской войны в России наступил, быть может, самый знаменательный момент. Повстанческие силы, сформированные в ходе восстания в Северской земле и состоявшие из вольных казаков, ратных людей Путивля и прочих мятежных гарнизонов, холопов, посадских людей, мужиков, заняли Кремль и взяли под контроль другие ключевые пункты столицы. Они привели в Москву своего царя, а потому чувствовали себя полными хозяевами положения.
Тем временем Отрепьев приступил к исполнению своих обязанностей в качестве властителя Кремля. Зная, какую власть над умами имеет духовенство, он поспешил сменить высшее церковное руководство. Не доверяя русским иерархам, самозванец решил поставить во главе церкви грека Игнатия. Игнатий прибыл на Русь с Кипра и по милости Бориса стал архиепископом в Рязани. Когда после мятежа под Кромами П. Ляпунов с прочими рязанскими дворянами вернулись домой и «смутили» Рязань, Игнатий первым из церковных иерархов предал Годуновых и признал путивльского «вора». В награду за это Лжедмитрий сделал его патриархом.
На другой день после переезда во дворец самозванец велел собрать священный собор, чтобы объявить о переменах в церковном руководстве. Собравшись в Успенском соборе, сподвижники и ученики Иова постановили:
Поставив во главе церкви своего «угодника», Лжедмитрий занялся Боярской думой. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар. Поводов для расправы с Василием Шуйским было более чем достаточно. Доносы поступили к самозванцу через П. Ф. Басманова, польских секретарей и телохранителей. По словам поляков, один московский купец нечаянно подслушал слова, сказанные Шуйским про нового государя:
Получив донос от П. Ф. Басманова, Лжедмитрий приказал без промедления арестовать трех братьев Шуйских. «Приставами», или тюремщиками, Шуйских стали бояре П. Ф. Басманов и М. Г. Салтыков. При Борисе Годунове М. Г. Салтыков руководил розыском о заговоре Романовых, при самозванце расследовал заговор Шуйских. Боярин усердствовал, чтобы доказать свою преданность новому государю. Но главным инициатором розыска был все же не он, а П. Ф. Басманов.
Шуйским предъявили обвинение в государственной измене. Однако официальная версия их дела заключала в себе слишком много неясного. Даже близкие к особе Лжедмитрия люди по-разному излагали вину знатного боярина. Шуйского обвиняли толи в распространении слухов, порочивших государя, то ли в организации заговора с участием нескольких тысяч лиц.