Самозванец не мог занять трон, не добившись покорности от Боярской думы и церковного руководства. Между тем патриарх Иов не желал идти ни на какие соглашения со сторонниками Лжедмитрия. Неразборчивый в средствах Отрепьев пытался вести двойную игру. Провинцию он желал убедить в том, что Иов уже «узнал» в нем прирожденного государя. В столице Лжедмитрий готовил почву для расправы с непокорным патриархом. Иов сохранил верность Годуновым до последнего момента и потому должен был разделить их участь. В прощальной грамоте 1607 года он живо описал свои злоключения вдень переворота 1
Судьба патриарха решилась, когда Лжедмитрий был в десяти милях от столицы. Самозванец поручил дело Иова той самой боярской комиссии, которая должна была произвести казнь Федора Годунова. Церемония низложения Иова как две капли воды походила на церемонию низложения митрополита Филиппа Колычева опричниками. Боярин П. Ф. Басманов препроводил Иова в Успенский собор и там проклял его перед всем народом, назвав Иудой и виновником «предательств» Бориса по отношению к прирожденному государю Дмитрию. Вслед за тем стражники содрали с патриарха святительское платье и «положили» на него «черное платье». Престарелый Иов долго плакал, прежде чем позволил снять с себя панагию. Местом заточения Иова был избран Успенский монастырь в Старице, где некогда он начал свою карьеру в качестве игумена опричной обители.
Казнь низложенного царя и изгнание из Москвы патриарха расчистили самозванцу путь в столицу. По дороге из Тулы в Москву путивльский «вор» окончательно преобразился в великого государя. В Серпухове его ждали царские экипажи и двести лошадей с Конюшенного двора. На пути к Коломенскому бояре привезли Отрепьеву
В окрестностях Москвы Лжедмитрий пробыл три дня. Он постарался сделать все, чтобы обеспечить себе безопасность в столице и выработать окончательное соглашение с думой. В московском манифесте Лжедмитрий обязался пожаловать бояр и окольничих их «прежними отчинами». Это обязательство составило основу соглашения между самозванцем и думой. Другие пункты соглашения касались состава думы. Самозванцу пришлось удовлетвориться изгнанием Годуновых. Зато он получил возможность пополнить думу своими ближними людьми.
Несмотря на двукратные похороны Бориса, страну захлестнули слухи о его чудесном спасении. Толковали, будто Годунов жив, а вместо него в могилу положили его двойника. На улицах люди под клятвою утверждали, будто своими глазами видели старого царя, который бежал то ли в Англию, то ли в Швецию, то ли к татарам. Толки о спасении Бориса не слишком беспокоили Лжедмитрия. Куда больше его тревожила опасность разоблачения.
В России Отрепьев успел обратить на себя внимание не только редкими способностями, но также и запоминающейся внешностью. Московские летописцы утверждали, будто уже в Путивле многие люди догадывались, с кем имеют дело. Когда же «вор» вступил в Москву, некоторые из москвичей
Опасность разоблачения угрожала Отрепьеву уже в Путивле. В черте небольшого городка он жил у всех на глазах, не имея возможности отгородиться от людей дворцовыми стенами. Там его преследовали поражения и неудачи. Можно установить, что уже в Путивле самозванец столкнулся лицом к лицу с некоторыми дворянами, хорошо его знавшими.