4 июля 1605 года иезуит А. Лавицкий писал из Москвы, что Шуйский назвал «Дмитрия» врагом и разрушителем истинной православной веры, орудием в руках поляков, за что и подвергся наказанию. Я. Маржарет, ставший вскоре одним из главных телохранителей Лжедмитрия, также утверждал, будто Шуйского обвинили в преступном «оскорблении величества». Другую версию изложили командиры польского наемного войска С. Борша и Я. Вислоух. По словам Вислоуха, Шуйские вовлекли в заговор десять тысяч детей боярских и условились перебить и сжечь поляков вместе с занятыми ими дворами, но поляки своевременно известили обо всем «Дмитрия». По словам Борши, заговорщики намеревались ночью поджечь город и напасть на «царя» и поляков. В этой версии сквозит желание подчеркнуть роль наемного войска в московских событиях, а потому она не заслуживает доверия.
Опираясь на казачьи и польские отряды, П. Ф. Басманов арестовал множество лиц, которых подозревали в заговоре с Шуйским. Розыск проводился с применением изощренных пыток. Однако в конце концов власти отказались от намерения организовать крупный политический процесс. Лжедмитрий распорядился привлечь к суду вместе с Шуйскими лишь несколько второстепенных лиц. В числе их были Петр Тургенев, Федор Калачник и некоторые другие лица. Чтобы устрашить столичное население, Отрепьев велел предать названных людей публичной казни.
Автор «Иного сказания» утверждал, что князь Василий Шуйский и его братья были арестованы на третий день после вступления Лжедмитрия в Москву, а 25 июня их передали в руки палача. Приведенная дата ошибочна: казнь Шуйских была назначена на воскресенье 30 июня. Суд над Шуйскими, по единодушному свидетельству очевидцев, занял несколько дней. Установив этот факт, С. Ф. Платонов писал:
В массе своей московское население приветствовало нового царя. На его стороне была военная сила. Лжедмитрий находился на вершине успеха. Планировать в таких условиях переворот было бы безумием. Шуйские же всегда оставались трезвыми и осторожными политиками. Спешили не столько Шуйские, сколько Лжедмитрий. Даже если заговора не было и в помине, ему стоило выдумать таковой.
В Польше коронный гетман Я. Замойский, выступая перед сеймом в начале 1605 года, резко высмеял россказни самозванца и заявил, что если уж поляки хлопочут о возведении на московский трон старой династии, то им надо иметь в виду, что законным наследником Московского княжества
Василий Шуйский был единственным из начальных бояр, отказавшимся подчиниться приказу Лжедмитрия и не явившимся в Серпухов. Это усилило подозрения самозванца, который имел все основания беспокоиться, что князь Василий предъявит претензии на трон при первом же подходящем случае.
Отрепьев мог расправиться с Шуйским тем же способом, что и с царем Федором Годуновым. Но с некоторых пор он был связан договором с Боярской думой. Следуя традиции, Лжедмитрий объявил о созыве собора для суда над великим боярином. Находившийся в те дни в Кремле поляк Лавицкий писал, что Шуйских судили на большом (многочисленном) соборе, состоявшем из сенаторов, духовенства и других сословий. Капитан Маржарет, перешедший на службу к Лжедмитрию, утверждал, будто Шуйские подверглись суду «в присутствии лиц, избранных от всех сословий». Следуя рассказам поляков из окружения самозванца, Паэрле записал, что в суде участвовали как сенат (дума), так и народ. Свидетельства иностранцев полностью совпадают с данными русских источников. Как подчеркнул автор «Нового летописца», Лжедмитрий
Самозванец пришел к власти на волне народных восстаний. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в первые дни своего пребывания в Москве он продолжал видеть в восставшем народе союзника. Представители столичного населения были приглашены на соборный суд, чтобы нейтрализовать возможные выступления сторонников Шуйских. В высшем государственном органе — Боярской думе — Шуйские имели много сторонников, и самозванец опасался их происков.