Дьяки Отрепьева исключили из нового текста присяги упоминание о колдунах, а пункт о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», назвавшемся Дмитрием Углицким, заменили пунктом о «Федьке Годунове». Подданные обещали не «подыскивать» царство под государем
По словам К. Буссова, в Серпухове царь «Дмитрий» объявил, что он не приедет в Москву
Завершив переговоры с Мстиславским, Лжедмитрий отправил в столицу особую боярскую комиссию. Формально ее возглавлял князь В. В. Голицын, имевший боярский чин. Фактически же главными доверенными лицами самозванца в московской комиссии стали члены путивльской «воровской» думы В. М. Мосальский и Б. Сутупов. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов с отрядом служилых людей и казаков.
Прибыв в Москву, боярская комиссия тотчас выполнила приказ самозванца о казни царской семьи. Казнью непосредственно руководили дворяне М. Молчанов и А. Шерефединов, имевшие за спиной опыт опричной службы. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели
После казни боярин В. В. Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что царица и царевич со страху,
Когда два простых гроба с убитыми были выставлены на общее обозрение, народ нескончаемой толпой двинулся на подворье Годуновых. Как записал шведский агент, он видел собственными глазами вместе с тысячами москвичей следы от веревок, которыми были задушены царица Мария и царь Федор Годуновы. Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили традиционный погребальный обряд. Трупы отвезли в женский Варсонофьев монастырь на Сретенке и там зарыли вне стен церкви, внутри монастырской ограды. В одну яму с ними было брошено и тело Бориса Годунова.
Распоряжавшийся в Кремле Б. Я. Бельский не принимал непосредственного участия в расправе над царицей Марией, которая была ему двоюродной сестрой. Басманов также оставался в стороне. Но именно эти лица довершили разгром Годуновых, их родни и приверженцев в Москве. Имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну. Бояр Годуновых отправили в ссылку в Сибирь и в Нижнее Поволжье. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя — С. М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский. Везти боярина в дальние города не имело смысла. Пристав имел приказ умертвить его в тюрьме, что он и выполнил.