С обвинениями против Шуйских на соборе выступил сам Лжедмитрий. Род князей Шуйских, утверждал самозванец, всегда был изменническим по отношению к московской династии, блаженной памяти «отец» Иван семь раз приказывал казнить своих изменников Шуйских, а «брат» Федор за то же казнил дядю Василия Шуйского. Фактически Лжедмитрий отказался от версии о наличии разветвленного заговора. Трое братьев Шуйских, заключил он, намеревались осуществить переворот своими силами:
Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника. В таких условиях даже близкие к Шуйским члены думы и священного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б. Я. Бельского, П. Ф. Басманова, М. Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской думы. Как с горечью отметил летописец,
Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу, которая едва не стоила ему головы при Годунове. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех приписываемых ему преступлениях.
Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев приговорил к пожизненному тюремному заключению. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил ее на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение. Несколько тысяч стрельцов оцепили площадь. Преданные самозванцу казаки и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и ключевые пункты города. Были приняты меры против возможных волнений.
Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Стоя подле плахи, князь Василий с плачем молил о пощаде.
Сподвижник Лжедмитрия С. Борша точнее всех других объяснил причины помилования Василия Шуйского.
При царе Борисе наибольшим влиянием в думе пользовались Годуновы и Шуйские. Обе эти группировки были разгромлены и удалены из столицы. Думу пополнили «воровские» бояре, получившие чин в Путивле, а также опальные бояре и дворяне. Обновив состав Боярской думы, Лжедмитрий добился послушания бояр и стал готовиться к коронации.
Самозванец пожелал дождаться возвращения в Москву инокини Марфы, в миру — Марии Нагой. Его расчет казался безошибочным. Признание со стороны мнимой матери должно было покончить с колебаниями тех, кто все еще сомневался в его царском происхождении.