Ещё в 1950 году Прокофьев договорился о передаче в Центральный (ныне — Российский) государственный архив литературы и искусства в Москве своих рукописей и бумаг. Архив располагается возле той части Ленинградского шоссе, что была во времена Прокофьева дальним пригородом столицы. Прокофьев отбирал рукописи, бумаги и газетные вырезки для архива вплоть до последних часов жизни. В последующие годы фонд Прокофьева сильно пополнился, в основном за счёт бумаг, поступивших от Миры Мендельсон.
Было и другое пополнение. В 1955 году, после смерти Прокофьева, стало известно о дневниках и письмах, положенных Сергеем и Линой Прокофьевыми в сейф одного из американских банков. Инюрколлегия СССР, в 1955 году взявшая бумаги под свою опеку, оповестила о них Комиссию по наследию Прокофьева. 20 апреля того же года был составлен акт о передаче бумаг в ЦГАЛИ (теперь — РГАЛИ) с правом доступа к ним на ближайшие 50 лет, то есть до 2005 года, только Мире и детям. Лина Ивановна, отвезшая вместе с Прокофьевым эти бумаги в США, всё ещё находилась в лагере. Святослав и Олег Прокофьевы постфактум подписали акт комиссии. В 2002 году усилиями Святослава Сергеевича Прокофьева и его сына Сергея Святославовича дневник 1907–1933 годов был издан во Франции. В публикацию не вошли записи более раннего времени, 1934–1939 и 1952–1953 годов.
Другие бумаги, большая часть уцелевшей библиотеки и личные вещи Прокофьева, попали, по завещанию Миры Мендельсон, в Государственный центральный музей музыкальной культуры им. М. И. Глинки (ГЦММК). Ныне в качестве филиала ГЦММК в Камергерском переулке (в советские времена — в проезде Художественного театра), в доме, в котором Прокофьев бывал с 1939 года, а впоследствии и жил с Мирой Мендельсон, располагается Музей Сергея Прокофьева (официально музей был открыт только в июне 2008 года).
Выехав за рубеж, Лина Прокофьева приложила немало усилий для организации Фонда Прокофьева, на базе которого был создан Архив Сергея Прокофьева при Гольдсмитовском колледже Лондонского университета. И хотя в архиве, занимающем сравнительно небольшое помещение, не хранится никаких подлинников, он уникален уже тем, что представляет исследователям возможность ознакомиться с ксерокопиями музыкальных рукописей и писем Прокофьева, относящихся к периоду его жизни за границей, то есть к 1918–1935 годам. Оригиналы рассеяны по всему миру. Есть они и в Национальной библиотеке Франции в Париже, и в Библиотеке Конгресса США в Вашингтоне, и во многих других известных и малоизвестных собраниях.
Намеченное ещё при жизни Прокофьева издание его избранных сочинений превратилось в собрание сочинений, в сущности — в расширенную версию избранного в двадцати томах, вышедшую в свет в 1955–1967 годах. За пределами его остались юношеская музыка, все оперы, кроме последней редакции «Войны и мира», все балеты до «Ромео и Джульетты», большая часть музыки к кинофильмам, за исключением концертных обработок музыки к «Поручику Киже» и к «Александру Невскому», Вторая, Четвёртая (в обеих редакциях) и Шестая симфонии, большинство сюит, Первый концерт для виолончели с оркестром, ранние редакции других симфонических партитур и камерных сочинений, «Семеро их» и «Кантата к ХХ-летию Октября», огромное литературное наследие. Пробелы двадцатитомника отчасти восполняются изданиями РМИ и Гутхейля, а также нотными публикациями 1960—2000-х годов. Огромный корпус юношеских сочинений, первые редакции «Игрока», «Шута», «Огненного ангела», «Войны и мира», авторская версия «Повести о настоящем человеке», сохранившийся музыкальный материал «Ундины» и «Далёких морей», первый вариант Четвёртой симфонии, грандиозная «Кантата к ХХ-летию Октября», основная часть музыки к фильмам «Поручик Киже», «Пиковая дама», «Александр Невский», «Лермонтов», «Тоня», «Котовский», «Партизаны в степях Украины» до сих пор не изданы. Часть переписки Прокофьева увидела свет в 1960— 2000-е годы. Появилось обстоятельно откомментированное и текстологически выверенное издание воспоминаний — обширной «Автобиографии». В недавние годы были изданы сборники статей и интервью, художественной прозы и большая часть дневников Прокофьева. До сих пор не издано огромное число писем, не собраны под одной обложкой прокофьевские стихи и либретто. Издание литературного и эпистолярного наследия композитора составило бы шесть-семь увесистых томов. Когда Прокофьев утверждал, что мог бы стать не композитором, а писателем, он имел в виду именно это. Новое же собрание всех его сочинений довело бы счёт томов до ста.