Борьба съ ересями была не легкой, такъ какъ въ число отступниковъ попадали и императоры, и папы, и патріархи, что иногда повергало въ ересь цѣлыя области и вызывало безпорядки и даже войны. Церкви, отдѣлявшіяся отъ Вселенской, впадали въ схизму (расколъ) и назывались схизматиками. Много ересей возникло изъ-за смѣшенія христіанскаго ученія съ культами древнихъ народовъ (персовъ, египтянъ, индусовъ и т. д.), занесенными въ имперію варварами и вообще язычниками-философами. Ересямъ способствовали и остатки языческихъ культовъ Греціи и Рима, противъ которыхъ пришлось бороться блаженному Августину, св. Кипріану и многимъ восточнымъ отцамъ Церкви.
На Вселенскихъ соборахъ (которыхъ было семь), установленъ и узаконенъ былъ также порядокъ управленія Церковью чтобы устранить превышенія власти въ области юрисдикціонной. По образцу 1-го Никейскаго собора, осудившаго ересь аріанства, слѣдуя Апостольскимъ правиламъ, были опредѣлены права и преимущества возвысившихся архіерейскихъ каѳедръ: Римской, Константинопольской, Александрійской, Антіохійской и Іерусалимской, которыя стали патріархіями. Отцы соборовъ совершенно одинаково расцѣнивали права этихъ патріарховъ, не предоставляя ни одному изъ нихъ особыхъ привилегій надъ другими. Чтобы почтить древнюю столицу имперіи, прославленную въ эру гоненій на Церковь кровью мучениковъ, Римскому патріарху, Папѣ, было дано почетное «первенство среди равныхъ». Патріархъ былъ равенъ по благодати остальнымъ епископамъ Церкви, имѣя въ предѣлахъ своей юрисдикціи административное старшинство, какъ раньше митрополиты въ своихъ областяхъ. Это не давало ему права что-либо мѣнять въ ученіи, принятомъ Вселенскими соборами, ставшимъ обязательнымъ для Церкви въ ея цѣломъ. Послѣ отдѣленія отъ Вселенской Церкви Римской каѳедры въ 11-мъ вѣкѣ и завоеванія Византіи турками въ 15-мъ вѣкѣ, пятое мѣсто среди православныхъ патріарховъ было опредѣлено Патріарху Московскому и всея Руси въ 1589 году.
Отмѣтимъ, что на 3-мъ Вселенскомъ соборѣ въ Ефессѣ въ 431 году, отцы собора особымъ правиломъ запретили дѣлать какую-либо приставку къ Символу вѣры. На 7-мъ Вселенскомъ соборѣ, созванномъ въ 787 году въ Никеѣ, была осуждена ересь иконоборцевъ и установлено почитаніе иконъ, послѣ долгихъ и ожесточенныхъ распрей въ Византіи и другихъ областяхъ имперіи.
Перенесеніе столицы имперіи изъ Рима къ границамъ Азіи въ Византію въ 325 г., болѣзненно поразило латинянъ. Изъ центра вселенной, Римъ сталъ губернскимъ городомъ, а греки, покоренные римскими легіонами, несравненно опередили своихъ побѣдителей въ области культуры, искусства, быта и т. д. Греческій языкъ завоевалъ римскую литературу, а боги древней Греціи перекочевали въ римскую миѳологію подъ другими именами.
Новая столица Византіи процвѣтала на диво всему міру, тогда какъ упадокъ Рима завершился успѣхами варваровъ, покорившими Западную Европу. Съ ними въ римскія провинціи влился чуждый этническій элементъ, съ которымъ вскорѣ пришлось считаться.
Среди причинъ, побудившихъ римскихъ папъ добиваться главенства, было желаніе возвратить утерянный престижъ Рима. Восточные патріархи занимали области, входившія раньше въ римскую имперію какъ заурядныя провинціи, вѣками управляемыя проконсулами. Послѣ же перенесенія столицы въ Византію, папы, подобно прочимъ епископамъ, вступали въ должность только послѣ утвержденія своего избранія греческимъ императоромъ. Кромѣ того, на Западѣ, увеличенію папскаго престижа способствовали нашествія варваровъ; его авторитетъ оставался нетронутымъ среди всеобщаго разрушенія и со временемъ пріобрѣлъ ореолъ неприкосновенности и крѣпости.
Первыя притязанія папъ носили болѣе характеръ личныхъ выпадовъ, чѣмъ преднамѣреннаго толкованія въ свою пользу евангельскихъ текстовъ. Съ 3-го вѣка, стали наблюдаться ихъ попытки вмѣшиваться въ управленіе другихъ епископовъ. Такъ папы Дамасъ (366–384), Иннокентій І-й (402–417) и Вонифатій І-й (418–422) требовали, чтобы епископы другихъ областей обращались въ Римъ во всѣхъ важныхъ случаяхъ. Противъ такихъ притязаній, выступили отцы Меливійскаго собора, секретаремъ котораго былъ св. Августинъ и постановили слѣдующее: «Кто захочетъ аппелировать къ тѣмъ, которые находятся по ту сторону моря (т. е. въ Римъ), тотъ нигдѣ не будетъ принятъ въ общеніе въ Африкѣ». Вонифатій III-й (607–608) просилъ у греческаго императора Фоки указъ о предоставленіи Риму главенства надъ всѣми Церквами съ титуломъ «вселенскаго». Всѣ подобныя попытки встрѣчали отпоръ отъ Отцовъ Церкви и епископата.