Всю жизнь Бэкон посвятил созданию энциклопедии всех наук – от грамматики до теологии, а также астрологии и алхимии. Эта задача была воплощена им в Opus Maius. Трактат содержит семь частей, первая часть о четырех причинах человеческих заблуждений, вторая разъясняет, что вся мудрость дана в Священном Писании, третья – о грамматике, четвертая – о математике, пятая – оптике, шестая – экспериментальной науке, седьмая – моральной философии. Особое внимание Бэкон уделял моральной философии, которая «является целью для всех прочих [наук], их госпожой и царицей», поскольку «только она одна учит душу добру» и «трактует о делах настоящей и будущей жизни, посредством которых человек спасается или обрекает себя на гибель». Бэкон подразделяет моральную философию на шесть частей: 1) теологическую, которая «направляет человека к Богу, в связи с чем возможна философия, и утверждает, что может, о Боге, и об ангелах, и о демонах, и о будущей жизни, в славе или наказании, и не только о жизни души, но и о воскресении тела»; 2) политическую, которая «дает общественные законы, прежде всего – относительно поклонения Богу, затем – относительно управления государством, городами и царствами»; 3) этическую – о «красоте добродетелей, дабы они были любимы, и о безобразии пороков, дабы они были избегаемы»; 4) свидетельствующую учение Христа, которая «опровергает секты так, чтобы было избрано одно только [христианское учение], которое распространилось бы по всему миру, а прочие были бы осуждены»; 5) относящуюся к искусству проповеди и 6) юридическую.
Моральная философия – это, по Бэкону, спасительная мудрость, имеющая божественное происхождение и объемлющая все сферы практической деятельности человека. Неслучайно именно понятие божественной мудрости (sapientia Dei) является для Бэкона ключевым при рассмотрении взаимоотношения веры и разума: «Вся мудрость содержится в Св. Писании, хотя и должна разъясняться посредством права и философии; и как в кулаке собирается то, что более широко развернуто в ладони, так и вся мудрость, полезная человеку, заключена в Св. Писании, но не полностью разъяснена, и ее разъяснение есть каноническое право и философия». Поэтому «философия есть раскрытие божественной мудрости посредством учения и искусства». Бэкон верил, что Бог открыл истину иудеям, и эта истина была передана грекам через египтян и халдеев. «Ибо какой человек сам по себе мог бы познать небесное, и благодаря этому – знаки (indicia) вещей, и прочее бесконечное, о чем пишут философы? Определенно, и не Соломон, и не ветхозаветный Адам, и не какой-либо иной человек, но сам Бог открыл закон своим святым и философию ради достижения, распространения, обоснования, возвещения и защиты закона».
К этому примыкает и понимание Бэконом природы человеческого знания. Если мудрость и истина – от Бога, то и все знания также от Бога. Но каким образом человек обретает это знание? За разъяснением философ обращается к традиционной августиновской теории божественной иллюминации. Однако Бэкон разворачивает эту теорию, основываясь в большей степени на трудах арабских философов, прежде всего, Авиценны, а также Аристотеля. Опираясь на Стагирита, Бэкон проводит различие между интеллектом действующим (intellectus agens) и интеллектом возможным (intellectus possibilis). Возможный интеллект, как часть человеческой души, пассивен и не способен к познанию сам по себе; напротив, действующий интеллект, которым в первую очередь является Бог, а во вторую – ангелы, иллюминирует человеческие души «во всякой мудрости»: «Бог по отношению к душе есть все равно, что солнце по отношению к телесному взору, а ангелы – все равно, что звезды». Иначе говоря, возможный, то есть человеческий, интеллект обретает знание о какой-либо вещи только после того, как получит образ или форму (species) этой вещи посредством органов чувств и будет иллюминирован действующим интеллектом. С помощью этой концепции Бэкон объясняет и то, что языческие философы, не знакомые со Св. Писанием, также обладали неким, пусть и неполным знанием: «Правдоподобным и разумным является то, что столь достойные и столь мудрые мужи, как Пифагор, Сократ, Платон, Аристотель и другие ревнители высшей мудрости получили от Бога особые иллюминации, благодаря которым они познали многое о Боге, спасении души, и, возможно, это было дано им скорее ради нас, христиан, чем ради их собственного спасения».