Пугачевское войско состояло из главной армии и множества отрядов, действовавших в разной степени отдаленности от ставки самозванца. Иногда возникали новые повстанческие центры, довольно тесно связанные с «царем» и его правительством, например чесноковский под Уфой. Однако зачастую отряды бунтовщиков, находившиеся вне главной армии, лишь выступали от имени «Петра Федоровича» и были слабо или вовсе никак не связаны с каким-либо повстанческим центром (такая ситуация особенно характерна для лета 1774 года). Главной армией командовал походный атаман Андрей Овчинников. Всё пугачевское войско делилось на полки, как правило, формировавшиеся по национальному, социальному или территориальному принципу, например полки яицких или илецких казаков, заводских крестьян, пленных солдат, башкир, татар, калмыков. Впрочем, иногда этот принцип не соблюдался. Есть сведения, что «у каждых 500 был полковник». По замечанию В. В. Мавродина, «цифра 500 была обусловлена тем, что по “штатам” казацких войск в полку насчитывался 501 человек. Но чаще всего цифра 500 такая же условная, как 100 в “сотне”, 1000 в “тысяче” и т. п.». Командовал полком полковник или атаман, обычно происходивший из той же среды, что и его подчиненные: во главе илецких казаков стоял их земляк Иван Творогов, крестьянин Хлопуша возглавлял мужиков и т. п. Но вот пленными солдатами руководили их бывшие офицеры, например уже известный нам Шванвич. Полк делился на роты, «в каждой роте считается до ста рядовых, есаул, сотник и два хорунжих». Командирами низших подразделений были пятидесятники и десятники. По свидетельству хорунжего Родиона Чеботарева, некоторое время находившегося в пугачевском войске, повстанческие отряды имели «именные списки». Согласно же показаниям самого Пугачева и его ближайшего сподвижника Максима Шигаева, подобных списков не было, ибо восставшие «выбывали и прибывали, а был счет одним командирам». Поименные списки отрядов главной армии до нас не дошли, но, по всей видимости, всё же существовали. Во-первых, подобные списки имелись в некоторых отрядах, не входивших в главную армию; во-вторых, походный атаман А. Овчинников, захватив Гурьев городок, приказал местному атаману составить «именной список» своих подчиненных, а значит, такая практика могла существовать и в главной армии[563].
Из вышеприведенного описания войска видно, что чины в нем, как правило, были казачьи: атаманы, полковники (последние имелись, разумеется, и в правительственной армии), есаулы, хорунжие. Однако летом 1774 года «Петр Федорович» начал присваивать сподвижникам военные чины, скопированные с императорской армии. Так, например, 5 июня самозванец произвел в бригадиры башкира Салавата Юлаева и мещеряцкого полковника Канзафара Усаева, а незадолго до окончательного разгрома восстания сделал Овчинникова ге-нерал-фельдмаршалом, Перфильева — генерал-аншефом, Чумакова — генерал-фельдцейхмейстером, Творогова — генерал-поручиком. Есть данные, что один пугачевец назывался «дежур-майором». Интересно, что Творогов о таком чине (как, впрочем, и о тех, которыми были награждены его товарищи) никогда прежде «не слыхивал», а потому на следствии даже не мог припомнить его точное название[564].