В 1552 году приглашенные на остров новгородские мастера под руководством Игнатия Салки и Столыпы приступили к возведению каменного (зимнего) Успенского собора, о котором «Летописец Соловецкий» сообщает: церковь «с трапезою и келарскою в одной стопе, единостолпна, со своды, на погребах; на трапезе колокольня каменная с часами, под трапезою потребы — хлебный да квасной, под олтарем и под церковию просвиренная служба, вверху над церковию Успенскою придел Усекновения честныя главы Иоанна Предтечи».
Однако этот гигантский по тем временам архитектурный комплекс становится лишь начальным этапом в эпических замыслах игумена Филиппа.
В 1558 году по проекту соловецкого настоятеля «зачат на Соловках делати большой храм Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, каменный». Украшать собор приглашены новгородские иконописцы — Гаврила Старой, Илья и Крас.
Но внутренний конфликт на острове никуда не делся; он, разумеется, отошел на второй план, многие затаились. В монографии Г. П. Федотова «Святой Филипп митрополит Московский» есть такие слова на этот счет: «Братия, которая с радостью взирала на начало строительства, теперь пришла в смущение от смелости игумена. “Отче, говорили ему, недостаток в киновии и оскудение великое, ибо нет прилежащих городов. Откуда возьмешь злата на сооружение великой церкви?”».
Одним из тех, кто более всего не принимал Филиппа, находя игумена слишком заносчивым и гордым, но по должности находился у него в подчинении, был келарь и казначей Соловецкого монастыря Паисий. То обстоятельство, что большую часть финансовых вопросов Филипп решал в обход Паисия, ставя его лишь перед фактом, не могло не задевать старца —кстати, ровесника и спостника старца Ионы (Шамина). Более того, имея возможность напрямую решать вопросы строительства с новгородской посадской элитой и московским двором, соловецкий игумен оперативно, без известной бюрократической волокиты, по большей части приводящей к воровству, единолично решал хозяйственные и административные вопросы, являясь в одном лице и келарем, и казначеем, и архитектором, и заказчиком строительства.
По замыслу Филиппа, Спасо-Преображенский собор должен был стать самым большим каменным храмом на Русском Севере, зримым символом того «луча пресветлого» и той «церкви, стоящей в воздухе, большой и прекрасной, простершейся над землей», которые наблюдал в своем видении преподобный Зосима.
И вновь мы можем говорить об уникальном даре мистического символизма, которым обладал святитель, о запредельном умении видеть невидимое в повседневном, подчинять обыденное таинственному монашескому обиходу.
Преподобный Максим Исповедник в VIII—XXIII главах своей «Мистагогии» обратил внимание на то, что евангельский символизм есть проявление насущности и обыденности Священного Предания, то есть опыта Церкви, канонической и ментальной преемственности.
Не случайно, что именно Филипп (Колычев), видя себя продолжателем и наследником преподобных соловецких началоположников Савватия и Германа, в 1599 году установил у подножия Секирной горы, в Савватиевской пустыни, поклонный крест в память о старцах. Более того, игумен Филипп разыскал образ Пресвятой Богородицы Одигитрии, который был привезен святым Савватием на остров в 1429 году, келейный каменный крест отшельника, Псалтирь преподобного Зосимы, а также его ризы, в которых любил сам совершать богослужение.
В этой связи интересно вспомнить еще одного соловецкого, точнее анзерского, постриженника — Никиту Минова, будущего патриарха Всероссийского, одного из величайших мистиков и символистов Русской Церкви уже XVII века.
Ново-Иерусалимский Воскресенский монастырь, Крестный Кийостровский и Валдайский Иверский монастыри, возведенные Никоном, стали гигантскими (и по сей день) знаками русского религиозного сознания во всей его парадигме — от непостижимого (Воскресение Христово) до осязаемого и зримого (Кийский крест «в меру» Креста, на котором был распят Спаситель).
Параллельно с возведением Спасо-Преображенского собора при игумене Филиппе начинается активное строительство разного рода хозяйственных и гидротехнических сооружений. Устройство налаженного монастырского быта и одного из крупнейших в Поморье хозяйства, по мысли святителя, ни в коей мере не должно противоречить заветам отцов-пустынников.
Было бы лукавой ошибкой умолчать о том немаловажном факте, что в Москве с пристальным интересом наблюдали за тем, что происходит на Соловках. Точнее сказать, за деятельностью игумена Филиппа (Колычева) следил лично государь Иван Васильевич IV, причем наблюдение его носило вполне ощутимый характер.
Так, начиная с 1539 года московский царь не только делает обители богатые пожертвования в виде риз, богослужебных предметов, колоколов, украшений и «кормовых денег», но и отписывает Соловецкому монастырю прибрежные земли с поселениями и посадами.
Перечислим лишь некоторые из этих царственных благодеяний, отмеченных в «Летописце Соловецком» XVIII века: