Избрание на руководящие посты Транспортной флотилии рядовых матросов послужило сигналом для проведения выборов и на кораблях. Командиром «Алмаза» команда вновь избрала капитана 2-го ранга Б. Г. Андросова. Командиром «Синопа» вместо Зарудного был избран старший лейтенант Е. С. Рыбалтовский. Совет матросских депутатов уволил с Транспортной флотилии около 40 реакционных офицеров. Вместо них были назначены матросы.
— Народ знающий, надежный, не подведет,— отзывался Кондренко о назначенных.
И в самом деле, на «Алмазе», «Синопе» и на транспортах матросы, назначенные на офицерские должности, действовали энергично, с душой, полностью оправдывая оказанное им доверие. Когда кто-либо из начальствующего состава пытался опротестовать решение Совета, Кондренко говорил:
— Совет — высшая власть на местах, его решение можно обжаловать лишь в Совете Народных Комиссаров.
Желающих жаловаться в Петроград не находилось.
В 10 часов 30 минут утра 22 декабря на «Алмаз» прибыл генерал Папа-Федоров — командир военного порта Одессы. Найдя Кондренко, генерал стал метать громы и молнии по поводу «незаконных» действий Совета, назначившего на офицерские должности рядовых матросов. Визит Папа-Федорова был вызван главным образом тем, что накануне Совет назначил матроса Якова Оглоблина председателем, а матросов Антона Войцеховского и Петра Литовчина — членами комиссии по проверке расчетов за ремонт судов Транспортной флотилии. Папа-Федоров требовал, чтобы Совет не вмешивался в хозяйственные дела флотилии. Генерал явно опасался, что могут быть раскрыты неблаговидные сделки с подрядчиками.
Долго Кондренко разъяснял генералу, что действиям и решениям Совета должны подчиняться все, в том числе и генералы, но Папа-Федоров стоял на своем. Покидая «Алмаз», он грозился, что еще «покажет», «проучит» и т. д., но власть была уже не у генерала, а у Совета.
Никаких насилий над увольняемыми офицерами матросы не чинили. Им объявляли, что они освобождаются от занимаемых должностей и в течение двух суток обязаны сдать дела назначенным вместо них матросам. Офицерам даже оказывалось содействие в выезде по месту жительства.
В Транспортной флотилии были офицеры, которые открыто заявляли, что ненавидят Советскую власть и не допустят, чтобы большевики распоряжались военными кораблями. Реакционное офицерство возглавляли генерал Папа-Федоров и начальник штаба флотилии капитан 1-го ранга Волькенау. В последних числах декабря Совет матросских депутатов распорядился арестовать этих и некоторых других высших офицеров. После двухдневного содержания на «Алмазе» арестованных выпустили, отобрав подписку о невыезде. Их должен был судить Революционный трибунал.
Интересна история этого трибунала. Патрулировавший в городе матросский отряд 2 декабря привел на «Алмаз» двух бывших царских офицеров, которые стреляли с крыши дома в отряд Красной гвардии на Старорезничной улице. Некоторые матросы требовали покончить с контрреволюционными офицерами на месте, но по настоянию старшего в отряде привели их в Совет матросских депутатов на «Алмаз».
— Чего с ними нянчиться? По рабочим гады палили!
Народ требует пустить контрреволюцию в расход,— горячился Тимофей Верзунов. Его поддерживали и другие матросы.
— Вы знаете,— убеждал их Кондренко,— что не у большевиков искать защиты контрреволюционерам. Но пусть их виновность будет доказана судом. Пусть все убедятся в том, что эти офицеры шли с оружием против рабочих.
Кондренко удалось убедить матросов. Но кто же будет судить офицеров? И вот тут-то пришла мысль создать матросский революционный трибунал. Находившийся на «Алмазе» матрос-балтиец Яков Околотин рассказал о созданном на Балтике Революционном трибунале. Решили последовать примеру балтийцев. Совет матросских депутатов утвердил Революционный трибунал в составе пяти человек: Ивана Переверзева, Михаила Белого, Павла Кондренко, Семена Попова и Тараса Харченко. В тот же день Переверзев и Кондренко с отрядом матросов заняли помещение военно-морского суда в доме № 2 по Дерибасовской улице и трибунал приступил к работе.
Буржуазная рада ничего не могла поделать с Революционным трибуналом. Он сразу приобрел известность. В нем разбирались дела контрреволюционных офицеров, представителей буржуазии, уличенных во враждебных народу действиях, владельцев заводов, которые обвинялись в издевательстве над рабочими. Сюда же попадали дела о растратчиках, спекулянтах и даже о разводе и признании прав на ребенка.