И месторасположение, и внешний вид домов были строго регламентированы. Дворянским семействам предписывалось селиться на левом берегу Невы, строить жилища из бруса, обшивать тесом и оштукатуривать «на английский манер» (тем, у кого было больше, чем 500 душ, было указано возводить двухэтажные дома). На правом берегу вырастали бревенчатые купеческие дома. Построенные наспех и без особого желания владельцев, они имели много изъянов: крыши протекали, стены трескались, полы прогибались. Стремясь придать величие облику города, Петр приказал всем зажиточным горожанам, у которых были одноэтажные дома, достроить второй этаж. Чтобы облегчить эту задачу, он велел Трезини разработать образцовые проекты зданий разного размера и соответствующей планировки, которые предоставлялись бесплатно.
Город по большей части был деревянным, и почти каждую неделю вспыхивали пожары. Для безопасности жителей Петербурга Петр наладил постоянную пожарную службу. По ночам, когда весь город спал, на церковных колокольнях дежурили караульщики. При малейшем признаке огня караульщик тут же звонил в колокол, и этот звон подхватывали все колокольни города. Колокольный звон будил барабанщиков, которые, вскочив с постели, принимались бить в барабаны. Горожане выбегали на улицы и, вооружившись топорами и баграми, спешили на пожар. Квартировавшие в городе солдаты тоже были обязаны принимать участие в тушении пожара. Чиновникам и офицерам вменялось следить за пожарной безопасностью на своем участке. За это полагалась дополнительная плата, а уклонение строго наказывалось. Петр и сам выполнял такие обязанности и, как и другие, получал за это жалованье. По свидетельству иностранного очевидца, «среди рабочих нередко можно увидеть царя, который с топором в руках взбирается на крышу пылающего дома, подвергая свою жизнь такому риску, что, глядя на это, мороз продирает по коже». Зимой, когда вода замерзала, топоры и багры оставались единственными средствами борьбы с огнем. Пожар можно было изолировать, если удавалось достаточно быстро разобрать и оттащить в сторону находившиеся поблизости дома. Присутствие Петра всегда оказывало действенный эффект. Датский посланник Юст Юль вспоминал: «Поскольку ум у него очень быстрый и точный, он сразу замечает, что надобно делать: лезет на крышу, появляется в самых опасных местах, побуждает бороться с огнем людей именитых наряду с простыми горожанами и не делает передышки, покуда огонь не будет потушен. Но ежели государя нет, все идет по-иному. Тогда люди безразлично глазеют на пожар, не делая ничего, чтобы его потушить. Бесполезно увещевать их и даже сулить им деньги – они только ждут случая чем-нибудь поживиться».
Городу угрожала и другая природная стихия – наводнения. Петербург был построен на уровне моря, и когда вода в Неве поднималась выше пяти футов, город затапливало. В 1706 году Петр писал Меншикову: «Третьего дни ветром сюда такую воду нагнало, какой, сказывают, не бывало. У меня в хоромах была сверх полу 21 дюйм, а по городу и на другой стороне свободно ездили на лодках, однако же не долго держалося – меньше трех часов».
Царь со смехом вспоминал, что многим пришлось спасаться на крышах домов и деревьях, но был доволен тем, что, хотя вода и поднялась высоко, большого ущерба причинено не было. В 1711 году английский резидент писал: «Ночью девятого числа с юго-запада, со стороны моря поднялся такой сильный ветер, что весь город затопило водой. Многие люди были захвачены врасплох и могли бы потонуть, если бы их не разбудил колокольный звон и они не спаслись на крышах. Большая часть их имущества и скота погибла». Почти каждую осень Нева выходила из берегов, погреба затоплялись и запасы продуктов приходили в негодность. Бревна и доски во множестве уносились водой, а вылавливать строительный материал и присваивать его запрещалось под страхом смертной казни. В ноябре 1721 года сильный юго-западный ветер повернул реку вспять так, что двухмачтовую шхуну пронесло по улицам и прибило к стене дома. «Ущерб невозможно описать словами, – доносил в Париж французский посланник, – едва ли можно сыскать хоть один дом, который не пострадал. Потери оценивают в два, а то и три миллиона рублей. [Но] царь, подобно Филиппу Испанскому [после гибели Непобедимой армады], являет истинное величие души своим спокойствием».