Работы по возведению крепости шли «с крайним поспешанием», поскольку Петр постоянно опасался возвращения шведов. И действительно, их отряды появлялись каждое лето. В 1703 году, когда не прошло и месяца с тех пор, как Петр занял дельту Невы, с севера подступил шведский отряд в 4000 человек и встал лагерем у реки Сестры. 7 июля 7-тысячный русский отряд под командованием самого Петра, состоявший из четырех драгунских и двух пехотных полков, выступил против шведов, разбил их и вынудил отступить. Петр постоянно находился под вражеским огнем, и наблюдавший это Паткуль был вынужден напомнить своему высокому покровителю, что «он тоже смертен, и одна мушкетная пуля может вывести из строя всю армию и ввергнуть страну в пучину опасности». Тем же летом шведский адмирал Нуммерс держал на якоре в устье Невы девять кораблей, блокируя выход в море и поджидая случая подняться вверх по реке и помешать строительству русских укреплений. Петр тем временем вернулся на верфи на Ладожском озере, чтобы ускорить строительство кораблей. В результате на рейде новой невской твердыни появилось множество судов, в том числе и фрегат «Штандарт». Не имея достаточных сил, чтобы бросить вызов более мощной эскадре Нуммерса, корабли не выходили в море, пока холода не вынудили Нуммерса увести свой флот. Тогда Петр на «Штандарте» вышел в Финский залив.
Наступил исторический момент – первое плавание русского царя на русском корабле по Балтийскому морю. Хотя свинцовые воды залива уже покрывались тонким ледком, Петра это не остановило. Когда он, выйдя из устья Невы, плыл на запад, по правую руку виднелись скалистые берега Карелии, исчезая из виду у Выборга, слева стелились невысокие округлые холмы Ингрии, тянувшиеся, убегая за горизонт на запад до самой Нарвы. Прямо по курсу, всего в пятнадцати милях от устья, показался остров, который русские назовут Котлин и где впоследствии вырастет крепость и морская база Кронштадт. Обогнув остров, Петр собственноручно замерил глубину и установил, что море у северного берега слишком мелко для судоходства. Но к югу от острова пролегал фарватер, который вел прямо к устью Невы. Чтобы защитить этот фарватер, в качестве форпоста оборонительных сооружений, которые возводились на острове, Петр приказал возвести форт прямо на отмели у кромки фарватера. Это была тяжелая работа: деревянные клети, заполненные камнями, по льду доставляли на место и там по весне, когда лед таял, опускали под воду, создавал таким образом фундамент. В мае небольшой форт, оснащенный четырнадцатью пушками, вырос прямо из моря.
Опорный пункт Петра на Балтийском море с самого начала был задуман как торговый порт и военно-морская база. По царскому указу Головин писал в Лондон Матвееву, чтобы тот зазывал торговые суда посетить новый порт. Первый корабль, принадлежавший голландскому купцу, вошел в Неву в ноябре 1703 года, когда новому русскому порту едва минуло шесть месяцев. Услышав о прибытии корабля, Петр лично отправился встретить его и провести вверх по течению. Велико было удивление капитана, когда он узнал, кто был его лоцманом; Петру же было приятно узнать, что груз корабля – вино и соль – принадлежал его старому знакомцу, Корнелису Калфу из Саардама. Капитан получил 500 золотых, и в его честь Меншиков устроил банкет. В память об этом радостном событии корабль был переименован в «Санкт-Петербург» и навсегда освобожден от пошлин и таможенных сборов. Подобные привилегии были обещаны и следующим двум судам, которые прибудут в новый порт, и в скором времени за обещанной наградой явились капитаны двух суден – голландского и английского. В дальнейшем Петр делал все возможное, чтобы привлечь в Петербург иностранных купцов. Он снизил пошлину так, что она составляла менее половины сборов, взимавшихся шведами в подконтрольных им балтийских портах. Он обещал поставлять русские товары в Англию по очень низким ценам при условии, что англичане будут вывозить их из Петербурга, а не Архангельска. Впоследствии ему приходилось употреблять царскую власть для того, чтобы отвести большой поток русской торговли от проторенного арктического пути и направить его через новые порты на Балтике.