28 мая 1992-го Псково-Печерский монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. До этого он бывал там трижды — вместе с родителями в 1953-м, 9 декабря 1968-го и 22 августа 1974-го. Вместе с митрополитом Псковским и Великолукским Владимиром и епископом Истринским Арсением он совершил Божественную литургию в Михайловском соборе, молился перед чудотворными иконами Пресвятой Богоматери и святыми мощами основателей монастыря. В книге почетных гостей Патриарх особо отметил, что «имел сердечную беседу с духовником и старцем обители — архимандритом Иоанном». Они были знакомы давно и относились друг к другу с искренней теплотой.
Осенью 1993 года произошел случай, раскрывший о. Иоанна с неожиданной стороны для человека, который давно знал и любил его, — о. Тихона (Шевкунова, род. 1958), ныне митрополита Псковского и Порховского. Он поступил в Псково-Печерскую обитель послушником в 1982-м, затем работал в Издательском отделе Московского Патриархата под руководством владыки Питирима, в июле 1991-го принял монашеский постриг с именем Тихон. В обитель иеромонах Тихон прибыл в смятении — испортились его отношения с наместником Донского монастыря; как правильно поступить, он не знал. О. Иоанн долго говорил со своим воспитанником в келии, потом отправил его на всенощную и сказал, что скоро подойдет и сам.
Вспоминает митрополит Тихон (Шевкунов): «Вместе с молодыми монастырскими иеромонахами мы, уже облачившись, ждали акафист в древнем пещерном алтаре Успенского собора. Вдруг к нам подошел отец Иоанн. Мы расстались с ним полчаса назад, но тут он сразу показался мне каким-то необычным — сосредоточенно-строгим. Не говоря ни слова, батюшка взял меня за руку и подвел в центр алтаря, к престолу. Здесь он сделал три глубоких поклона, с благоговением приложился к Святой Трапезе и велел мне сделать то же. Потом, обратившись ко мне, он произнес:
— А теперь слушай волю Божию…
Никогда до этого я не слышал от отца Иоанна подобных слов.
— Ты вернешься в Москву и сразу пойдешь к Святейшему Патриарху, — объявил мне отец Иоанн. — Проси у него, чтобы он благословил тебя перейти из Донского в братию Псково-Печерского монастыря. Проси Святейшего, чтобы он благословил создание подворья Псково-Печерского монастыря в Москве, и ты будешь строить это подворье.
Я не знал, что и сказать!.. С одной стороны, было отчетливо ясно, что вот сейчас, в эту самую минуту, меняется моя жизнь. И в то же время умом я понимал, что сказанное батюшкой осуществить совершенно нереально.
— Батюшка, — проговорил я, — но это невозможно!.. Святейший совсем недавно объявил, что в Москве не будет открыто ни одного подворья епархиальных монастырей. И настрого запретил даже обращаться к нему с подобными просьбами.
Здесь необходимо небольшое пояснение. К тому времени в Русской Церкви было возрождено уже триста шестьдесят монастырей, и с каждым месяцем их число увеличивалось. Немало из этих провинциальных обителей хотели иметь свои подворья в столице и так донимали патриарха, что Святейший на одном из собраний духовенства очень твердо предупредил, чтобы с подобными просьбами к нему впредь не обращались. Поскольку если начать раздавать московские храмы монастырям, то приходских церквей в столице вообще не останется.
Всё это я объяснил отцу Иоанну. Но тот даже бровью не повел.
— Ничего не бойся! — сказал он. — Иди к Святейшему и передай то, что я тебе сказал. Святейший всё благословит. А затем, — тут батюшка продолжил уже совсем по-деловому, горячо и увлеченно, — тебе предложат на выбор несколько храмов. Первый не бери! А из остальных выбирай, какой тебе приглянется, но только не гонись за большими и знаменитыми.
Пора было выходить на акафист.
— После службы жду тебя в келье! — велел батюшка.
Весь акафист и дальнейшую службу я только и переживал слова, сказанные отцом Иоанном, а после всенощной сразу примчался к нему. Батюшка еще несколько раз повторил мне то, что я услышал от него в алтаре, успокоил, ободрил и велел, не сомневаясь, поступать в точности так, как он говорит.
Отец Иоанн никогда не бросался великими и страшными словами, такими как „я скажу тебе волю Божию“. Ни раньше, ни потом я таких слов от него не слышал. Поэтому воспринял сказанное мне более чем серьезно и, превозмогая страх, решил исполнить всё точно, как сказал старец».