Увы, не обошли печальные события середины 1990-х и Псково-Печерскую обитель. 3 июля 1995 года в Богом зданных пещерах с невероятной помпой был погребен убитый во время «разборки» петербургский криминальный авторитет Николай Гавриленков. В последний путь его провожал чуть ли не весь бандитский Петербург. О. Иоанн при этом, к счастью, не присутствовал — с 15 июня по 15 августа 1995-го он находился в отпуске в эстонской Вярске.
После этого события архимандрит Роман был отрешен Патриархом Алексием II от должности наместника. 17 августа 1995 года новым наместником был назначен архимандрит Тихон (Секретарёв, 1955–2018), бывший насельником обители с 1976 года.
Новый наместник был накрепко связан с монастырем еще с детских лет. Правнук монаха, внук двух репрессированных священников, впервые он приехал в обитель с матерью в тринадцатилетнем возрасте, а его отец-священник был знаком с архимандритом Алипием. С 1976 по 1995 год иеромонах Тихон исполнял в монастыре послушания помощника келаря, помощника благочинного и благочинного. С 1992 года был катехизатором и преподавателем Псковского духовного училища. О. Тихон на протяжении многих лет собирал и систематизировал сведения по истории монастыря, написал множество книг о нем, в 2005-м получил в Санкт-Петербургской духовной академии степень кандидата богословия за работу «Церковно-исторический очерк о Псково-Печерском Свято-Успенском монастыре в ХХ веке». Пост наместника о. Тихон занимал до 21 мая 2018 года, и эти без малого 23 года по праву могут быть названы целой эпохой в истории обители…
Но это было впереди. А пока, через месяц после вступления в должность, 18 сентября 1995-го, архимандрит Тихон обратился к старцам обители с рядом вопросов, на которые попросил ответить в письменном виде. Они касались дальнейшего развития монастыря и монастырской жизни. О. Иоанн, в частности, ответил 29 сентября следующее:
«Что Вы считаете самым главным в духовной жизни монастыря и что необходимо для этого сделать?
— Самое главное в духовной жизни монастыря есть четкое и предельно ясное знание, куда мы пришли и зачем пришли.
Только ответственное отношение к делу своего спасения каждого насельника и паломника может создать здоровый монастырский климат в обители.
Совершенство в христианской жизни есть главное дело всякого монашествующего.
Из этого основного требования следует, что Священноначалие монастыря должно очень внимательно производить прием и паломников, и послушников в стены монастыря, непременно предваряя прием внимательным ознакомлением с документами и личным собеседованием с каждым приходящим.
Лиц, побывавших в местах заключения, не спешить одевать в подрясники и зачислять в братство, но иметь их в поле зрения долго время, наблюдая за их стараниями в духовной жизни.
Непременно надо осуществлять более явный и постоянный контроль монастырской жизни Благочинным и Духовником монастыря, а также и всех ответственных за послушания лиц.
Необходимо пресекать проявления самолюбия, самоугодия, лености, своеволия, а также бесконтрольные без благословения выходы за стены монастыря…»
Новый наместник относился к о. Иоанну с глубоким благоговением. Монашеский постриг 23 августа 1976 года он принимал из его рук. «Можно твердо сказать: всё лучшее в жизни, что у меня было, связано, бесспорно, с батюшкой, — вспоминает архимандрит Тихон. — С его наставлениями, его вразумлениями и с его поддержкой. Потому что он мог любую ситуацию выправить, всё поставить на свое место, разложить „по полочкам“ и дать ясный духовный ориентир и утешение на дальнейшую жизнь». Именно о. Иоанн дал будущему архимандриту благословение на поступление в монастырь и одновременную учебу в семинарии. И хотя их келии в братском корпусе 17 лет находились по соседству, иеромонаху Тихону приходилось видеть батюшку «дома» совсем нечасто — он никогда не сидел на месте, постоянно был в хлопотах.
Ноябрь 1995-го был ознаменован важной датой в судьбе о. Иоанна — 50-летием его священства. 14 ноября в монастырь пришло письмо на официальном бланке Патриарха Московского и всея Руси Алексия II:
«Ваше Высокопреподобие,
Дорогой отец Архимандрит!
Пользуюсь оказией, чтобы передать Вам это письмо.
От души хочу поздравить Вас со славным полувековым юбилеем Вашего священнослужения. Пятьдесят лет предстояния у Святого Престола — это и подвиг и, вместе с тем, огромная духовная радость.
Молитвенно, с любовью помню Вас и желаю крепости душевных и телесных сил. <…> Да умножит Господь, по молитвам Царицы Небесной, дни и лета Вашей жизни и многополезного пастырского служения, проповеди и душепопечительства.
Прошу Ваших святых молитв перед Святынями Обители.
Милость Божия да хранит Вас!
С любовью,
Алексий,
ПАТРИАРХ МОСКОВСКИЙ И ВСЕЯ РУСИ.
14. XI.1995».