Было еще одно обстоятельство, не только осложнившее существование «Современника», но и изменившее облик российской журналистики. 2 января 1863 года с одновременного нападения на несколько российских воинских частей началось восстание в Польше, имевшее совершенно другой характер, чем восстание тридцатилетней давности, в подавлении которого участвовал шурин Некрасова Генрих Станиславович Буткевич. Это уже не была война регулярных армий — к этому времени все военные институты в Царстве Польском были уничтожены. Война приняла партизанский характер и охватила не только находившиеся под властью России польские территории, но и часть современной Украины, Белоруссии и Прибалтики. Несмотря на неравенство сил, борьба, которую вели с российскими войсками разрозненные повстанческие группы, оказалась затяжной (разгромить их удалось только к середине 1864 года) и даже вызвала у российского правительства панические настроения. Первым последствием, конечно, был всегда опасный для оппозиционной прессы неизбежный крен «вправо» — в правительстве и при дворе серьезно усилилась партия графа М. Н. Муравьева (которого можно считать личным врагом Некрасова, никогда не разделявшим журнал и его редактора), ставшего фактическим диктатором северо-западных губерний и безжалостно подавлявшего восстание. Для «Современника» это было опасно вдвойне, поскольку еще до восстания намерения польских революционеров вызывали сочувствие у редакции журнала. Один из вождей восстания, повешенный Муравьевым Сигизмунд Сераковский, был участником «Современника», учеником и поклонником Чернышевского, хорошим знакомым Некрасова. По польскому вопросу «Современник» был вынужден отмалчиваться.
Польское восстание и борьба с ним принесли «Современнику», может быть, более серьезную опасность не со стороны правительства, а со стороны общества. Выступление поляков вызвало в российском обществе враждебность, прилив имперских чувств. Эта волна массового патриотизма определенного сорта в 1863 году получила своего выразителя и вождя — им стал неожиданно превратившийся в фигуру всероссийского масштаба Михаил Никифорович Катков, редактор и издатель «Русского вестника», еще с 1862 года взявший в аренду газету «Московские ведомости».
Молодой друг Белинского и Герцена, англоман, человек либеральных убеждений, стремившийся издавать журнал в «центристском» духе, Катков в это время переходит на крайне консервативные позиции. Поток вышедших из-под его пера газетных передовиц, гневно бичующих Герцена, нигилистов и поляков, отстаивающих имперские ценности, был с большим сочувствием встречен публикой. Катковские статьи сейчас выглядят демагогическими, представляют собой истерический поток, наполненный идеологическими словами, однако в то время Катков производил впечатление пламенного трибуна. Оказывая огромное влияние на своих читателей (он, в частности, породил целую антипольскую паранойю, превратив поляков в обывательском сознании во что-то вроде масонов — вечных заговорщиков, тайных и могущественных врагов России, опутавших ее сетями заговоров и стоящих за всяким эксцессом), редактор «Русского вестника» и публицист «Московских ведомостей» проповедовал ненависть к полякам и любовь к «традиционным» принципам. Получив огромное влияние, в том числе на правительство (крупнейшие реакционеры нового призыва — печально знаменитый министр народного просвещения, граф Дмитрий Андреевич Толстой и не менее известный обер-прокурор Святейшего синода Константин Петрович Победоносцев — до некоторой степени выросли в его «школе»), он сохранял независимое положение, отказываясь от любых государственных должностей, субсидий, мог пойти на конфликт с правительством, если оно казалось ему слишком либеральным. Его конфликт с министром внутренних дел Валуевым, который его терпеть не мог, чуть не привел к закрытию «Московских ведомостей», однако закончился победой публициста — государь лично разрешил ему продолжать выпускать газету. И никакие попытки представить его платным агентом правительства, по аналогии с издателем «Северной пчелы» Фаддеем Булгариным, не удавались. Видимо, для самого правительства это было совершенной неожиданностью — на фоне катковских изданий особенно жалко выглядели попытки Валуева издавать официальную газету для пропаганды правительственного курса — «Северную почту», редактором которой некоторое время выступал Иван Александрович Гончаров.