Несомненно, однако, что возобновленный «Современник» был уже в значительной степени не тем журналом, каким его делали Чернышевский и Добролюбов. Прежде всего в худшую сторону изменились отношения внутри редакции. Молодые разночинцы, приведенные Чернышевским и Добролюбовым, не испытывали к Некрасову особенной симпатии, не ценили его поэзию так же высоко, скептически относились к его нравственному облику, ощущая свое моральное превосходство. В отличие от Чернышевского и Добролюбова, его «барские» привычки и вкусы не просто были им чужды, но служили признаком его несоответствия образу настоящего деятеля. Ни Антонович, ни Елисеев, ни Жуковский не чувствовали себя обязанными Некрасову. Как показали дальнейшие события, они имели несколько завышенную самооценку, считая себя едва ли не более важными фигурами для журнала, чем сам его редактор. Теплых отношений с Некрасовым у них быть не могло, да они в духе своего «реализма» и не считали таковые необходимыми для совместной работы. Некрасов был для Антоновича, Жуковского, Елисеева и Пыпина просто хозяином предприятия, где они работали. Это приводило к тем же последствиям, что и на обычном предприятии: недоверию, подозрениям, что их труд не оценивается достойно. Если же прибавить сюда их социалистические убеждения, то можно было ожидать «бунт» против такого устройства предприятия. И для самого Некрасова Антонович или Пыпин оставались людьми чуждыми, несмотря на то, что в разговорах с ними он мог пускаться в откровенности — такова была его своеобразная манера. Всё-таки Некрасов стремился видеть в своей «консистории» не просто работников, которых он нанял за определенную плату, но и «товарищей по журналу», как он выразился позднее, описывая свои отношения с Антоновичем.
Конечно, у Некрасова были основания подозревать новых членов редакции в той же нелегальной деятельности, какую вел Чернышевский — но, видимо, с этим он смирился и научился не замечать, тем более что сами они наверняка еще меньше хотели ставить редактора в известность о своих «других» делах.
Другая опасность исходила не столько от неуважения или отчуждения новых сотрудников от редактора, сколько от сочетания молодости, самоуверенности и отсутствия лояльности к журналу. У них не было готовности воздерживаться от чрезмерно резкого высказывания, чтобы сохранить журнал, не было терпения, в высшей степени присущего самому Некрасову, не было присущего Добролюбову и Чернышевскому стратегического мышления. Антонович и Жуковский могли поставить свое самовыражение выше интересов журнала, в какой-то момент пожертвовать ими ради яркого высказывания. Особенно это было опасно в новых условиях: министр внутренних дел Валуев, отобравший цензуру у Министерства народного просвещения и переподчинивший ее своему ведомству, взял очевидный курс на замену предварительной цензуры карательной. Это заставляло Некрасова, с одной стороны, зорче присматривать за «Современником» и за тем, что в нем печатается, с другой — больше дистанцироваться от содержания его собственного журнала. Антонович вспоминал, что в его время Некрасов прочитывал корректуры полностью, во времена Чернышевского контроль его за журналом был слабее. В довершение всего в новой редакции сошлись люди, не симпатизировавшие друг другу, с тяжелыми и нетерпимыми характерами. Нередко случались конфликты между Салтыковым и Антоновичем, видимо, вынуждавшие Некрасова (особенно часто во второй половине 1863 года) выступать посредником между враждующими сторонами.