Противоположной ультрамонтантству являлась идея построения национальной католической церкви (в последней трети XVIII в. в этом русле была выдержана политика австрийского императора Иосифа II (1780–1790) и государей некоторых католических немецких княжеств). В первой половине XIX в. было предпринято несколько слабых неудачных попыток основания церковных сообществ, независимых от папы (так называемая «французская католическая церковь» аббата Франсуа Шателя (1795–1857) в 1830-е годы, «немецко-католическое движение» во главе с Иоханнесом фон Ронге (1813–1887) в 1840-е годы).
Тяжелейшим испытанием для папства стало время Французской революции — не только антицерковной, но и антирелигиозной. В 1790 г. было принято «Гражданское устройство духовенства», согласно которому вводились выборность епископов (причем избиратели необязательно должны были быть прихожанами и даже католиками) и присяга на верность государству. С осени 1793 г. в стране вводится едва ли не атеистический культ Разума; церкви, в том числе древние соборы оскверняются и переделываются в Храмы Разума. С казнью радикальных якобинцев в марте 1794 г. культ Разума был запрещен, а место его занял задуманный Робеспьером культ Верховного Существа: 7 мая Национальный конвент принял декларацию, согласно которой «французский народ признает Верховное Существо и бессмертие души», а «достойное поклонение Верховному Существу» заключается в «исполнении человеческих обязанностей».
В стремительно менявшихся обстоятельствах Римская курия выступала с консервативных позиций, но зачастую медлила с решительными действиями. Лишь 29 марта 1790 г. папа Пий VI (1775–1799) собрал кардиналов, чтобы обсудить положение во Франции, — впрочем, никакого решения принято так и не было. В 1791 г. папа осудил содержание революционных декретов. В условиях прямого вмешательства Франции в итальянские дела с 1796 г. папство не сумело ему противостоять. В феврале 1798 г. французские войска заняли Рим; толпа римлян объявила отмену папской власти и учреждение республики. Богатства папского двора были разграблены; Пий VI был вывезен как пленник во Францию, где в 1799 г. умер. Его преемник Пий VII был избран на папский престол в Венеции, под защитой австрийских штыков. Вскоре он въехал в Рим, занятый неаполитанскими войсками. Уже в 1801 г. новый папа подписал конкордат с Наполеоном, послуживший образцом для многочисленных договоров Святого престола с различными государствами.
Наполеон свернул гонения на религию, проводившиеся якобинцами и другими революционными радикалами, однако не вернулся к модели взаимоотношений церкви и государства, характерной для абсолютизма. «Первый консул», ставший «императором французов», закладывал основы секуляризма, светскости в государственной политике и законодательстве. Примечательно, что в 1804 г. во время ритуала коронации он сам возложил корону на себя и свою супругу Жозефину (папа Пий VII, присутствовавший на церемонии, лишь дал императору свое благословение). Папское государство Наполеон считал своим леном и постоянно вмешивался в его дела. После 1801 г. он также поощрял секуляризацию церковных княжеств в германских землях.
В 1809 г. французы, ранее вновь занявшие Рим, вывезли папу во Францию. Пий VII пытался робко протестовать, однако вынужден был дать согласие на то, что Франция станет местом пребывания римских первосвященников навсегда (так повторился исторический эпизод «авиньонского пленения»), В 1811 г. Наполеон, узурпировав право папы на светскую власть в Папской области, провозгласил римским королем своего новорожденного сына (Наполеона II). После поражения в России Наполеон стал вновь искать пути к сближению и взаимопониманию с папой.
В 1814 г., после падения власти «императора французов», Пий VII начал политику реставрации. Буллой «Sollicitudo omnium ecclesiarum» он восстановил орден иезуитов во всех правах и привилегиях. В 1815 г. Венский конгресс вновь признал за папой права светского государя. В правление Льва XII (1823–1829) по папской энциклике «Quo Graviora» (13 марта 1826 г.) осуждались революционные тайные общества и масонские ложи как антихристианские организации. Не менее активным и бескомпромиссным защитником Старого порядка и католической реставрации был Григорий XVI (1831–1846), обличавший нарождавшееся либеральное направление в католическом богословии и осудивший католиков — участников польского восстания 1830–1831 гг. как революционеров, выступивших против законного монарха.