Хотя после польского восстания 1830–1831 гг. отношение официального Петербурга к униатской церкви ухудшилось, никто поначалу не помышлял о прекращении ее деятельности. Воссоединение униатов с православием стало личным успехом униатского епископа Литовского (1833–1839), уроженца Киевской губернии Иосифа Семашко (1798/1799-1868), искренне верившего в единство восточного славянства под эгидой Великороссии и умело уловившего настроения имперской власти, и двух его сторонников-епископов. В 1839 г. Полоцкий собор принял решение о воссоединении униатов Российской империи с православием, а под соответствующим обращением к императору подписались 1305, а затем еще 302 представителя черного и белого духовенства. Число присоединившихся к православию жителей западнорусских земель превысило 1,6 млн человек. Тем не менее еще осенью 1838 г. с протестом против уничтожения униатства выступили 111 священников. Сопротивление оказалось заметным, так что вторая часть словесной формулы, выбитой на памятной медали: «Отторгнутые насилием (1596) воссоединены любовию (1839)», верна не полностью. Примеры принуждения показал А.И. Герцен в статье «Секущее православие» (1858). В Царстве Польском, на Холмщине, униатская церковь была ликвидирована в 1875 г., после чего униаты сохранились только в австро-венгерской Галиции. В 1905–1909 гг. после указа Николая II «Об укреплении начал веротерпимости» 233 тыс. человек перешли из православия в католичество — это и были почти исключительно греко-католики.
К началу XIX в.
В то же время, помимо простого отвержения новых ценностей, католическая мысль к концу XIX в. пытается восстановить свое влияние в обществе путем освоения новых интеллектуальных и социальных стратегий. Важными аспектами этой обновленной идейно-богословской парадигмы, окончательно оформившейся в XX в., в эпоху Второго Ватиканского собора, становятся утверждение верности папе при допустимости культурного и культового многообразия внутри Церкви, акцент на социальный характер христианского учения, открытость к диалогу с научным миром и использование данных светской науки, в том числе при изучении Библии.
Ослабление политического влияния папства к началу XIX столетия было связано в числе прочего с роспуском под давлением католических монархов ордена иезуитов — того самого «Общества Иисуса», которое оказало Риму столько услуг (1773). Примечательно, что структуры иезуитов продолжали действовать на территории некатолических государств — Пруссии и России (так, в 1801 г. папа Пий VII (1800–1823) официально признал существование ордена в Российской империи). Под руководством избранного в 1805 г. нового главы ордена в России Фаддея Бжозовского (1749–1820) иезуиты расширили свою деятельность: были основаны новые миссии, а иезуитский коллегиум в Полоцке был преобразован в академию с правами университета. Однако активная работа иезуитов по обращению в католицизм привела к тому, что в 1815 г. они были высланы из Петербурга, а в 1820 г. их деятельность в России была прекращена.
На XIX в. приходится «Эпоха Пиев» (1775–1958), названная так потому, что семь из одиннадцати правивших в данный период римских первосвященников носили имя Пий. В первой половине XIX в. идейной основой католической проповеди и публицистики оставалось ультрамонтантство (идеи жесткого подчинения национальных католических церквей Папе Римскому, а также положение о превосходстве светской власти пап над светскими государями). Наиболее ярко эти тезисы были представлены в сочинении савойского политического мыслителя Жозефа де Местра «О папе» (1819). Папская власть представала единственной Божественной властью на земле, неограниченной по самой своей природе и простиравшейся как в духовной, так и в светской сферах; папа признавался единственным хранителем и непогрешимым истолкователем предания Церкви; лишь пребывающие в духовном общении с папой могут надеяться на спасение.