Сложными были отношения папского престола не только с молодым Итальянским королевством, но и с молодым Германским рейхом. Отто Бисмарк активно стремился ослабить влияние католической церкви. В союзе с национал-либералами «железный канцлер» в 1872 г. добился изгнания из страны иезуитов и начал проводить политику, известную как «Kulturkampf» (нем. «культурная борьба»). Католическая церковь ставилась в подчиненное положение к государству: законодательно устанавливался контроль государства над школами, назначениями на церковные должности, отношениями между духовенством и паствой, управлением церковным имуществом. С начала 1880-х годов «культурная борьба» постепенно начала сворачиваться, поскольку государственная власть была заинтересована в компромиссе с католической партией Центра. После того как Германская империя достигла компромисса с Ватиканом, Бисмарк даже получил папский орден Христа.
Подобная борьба с влиянием католической церкви велась в Швейцарии в конце 1840-х — 1870-е годы, а также в Мексике, где она сопровождалась масштабной секуляризацией обширных церковных владений, в конце 1850-х — первой половине 1870-х годов.
В англиканской церкви, которая с самого своего основания не порывала — в своей «высокой» ипостаси — целиком с католицизмом, в XIX в. возникло мощное течение за сближение с церквями апостольской преемственности — католической и православной; говорили о трех ветвях — католической, православной и англиканской — единой церкви. С 1833 г. такие взгляды развивало так называемое оксфордское или «трактарианское» движение, позднее их, в частности, поддерживали многие художники-прерафаэлиты. Наиболее ярким деятелем движения был выдающийся писатель и богослов Джон Генри Ньюман (1801–1890), который перешел в католичество, а с 1879 г. стал кардиналом-дьяконом, с 1890 г. — кардиналом-протодьяконом. В немалой степени под влиянием его творчества сформировалась британская школа апологетики, среди представителей которой наиболее знаменит писатель Гилберт Кийт Честертон (1874–1936). В диалоге с российской православной церковью с 1860-х годов обсуждался даже вопрос о молитвенном общении.
Понтификат Льва XIII (1878–1903) ознаменовался поиском новой политической стратегии папства в условиях бурного роста капитализма. Лев XIII был активным администратором и плодовитым богословом. Самым известным документом, вышедшим из-под его пера, стала энциклика «Rerum novarum» от 15 мая 1891 г., провозглашавшая курс на социальную модернизацию католицизма. В ней утверждалась необходимость классового сотрудничества и взаимного уважения работодателя и работника в духе «христианской философии», определялись взаимные нравственные обязательства вовлеченных в экономические отношения сторон. Признавалось, что «классы в равной степени нуждаются друг в друге: капиталисты не могут существовать без рабочих, но и рабочие не могут без капиталистов». Энциклика придала новое, социально окрашенное направление богословскому поиску в католицизме и способствовала развитию таких идейных течений, как христианская демократия и христианский социализм.
В католической теологии вторая половина столетия ознаменовалась появлением модернистских тенденций. Модернизм был обширным движением, представители которого стремились соединить веру с современным культурным сознанием. Они выступали за применение историко-критического метода к Библии, против господствующей схоластики, за освоение новейших философских подходов.
Папство было настроено к модернистам непримиримо. 8 декабря 1864 г. Пий IX издал «Syllabus Errorum» — «Список важнейших заблуждений нашего времени». В их число вошли пантеизм и рационализм, социализм и индифферентизм, критическая и агностическая философии, а также социализм, коммунизм, тайные общества, библейские общества (они ставят целью перевод и распространение Священного Писания), принципы свободы совести и отделения церкви от государства. Подобный антилиберальный пафос вызвал резкое неприятие не только в протестантских странах, но и в союзной Риму Франции, где правительство пыталось запретить распространение папского документа.
В конце XIX столетия оплотом историко-критического изучения Библии стал Католический институт в Париже, где преподавал Альфред Луази (1857–1940). Папская булла «Providentissimus Deus» (1893) признавала ценность научного рассмотрения Библии, но не ее историческую критику. Луази был уволен из института и в 1902 г. выступил с книгой «Евангелие и церковь», где, защищая церковь и ее догматы, пытался показать, что их невозможно вывести из Евангелия. В 1908 г. Луази был отлучен от церкви.