Важным фактором отношений науки и религии становится оформление религиоведения как самостоятельной сферы гуманитарного познания, как системы научных стратегий. В XIX в. формируются история религии (Макс Мюллер и др.), социология религии (Эмиль Дюркгейм, Макс Вебер), психология религии (Уильям Джеймс и др.). Впервые необходимым условием эффективного исследования признается комплексное, сопоставительное изучение религиозных феноменов («Кто знает одну религию — не знает ни одной», — утверждал Макс Мюллер). Этнологические и антропологические практики, отделяясь от традиционной миссионерской или чисто описательной этнографии, создают основу культурно-антропологического подхода в исследовании религии. Активно продвигается вперед текстология, научная герменевтика священных текстов.
Становление научного религиоведения проходило в русле теологической традиции (преимущественно протестантской), а первые религиоведческие центры возникали при теологических факультетах и семинариях. Так, Тюбингенская школа (признанным главой ее был Фердинанд Кристиан Баур, 1792–1860), впервые начавшая активно проводить историко-критическое исследование Библии, сформировалась в стенах евангелически-лютеранской семинарии при Тюбингенском университете. С системой и интеллектуальным стилем протестантского богословия связаны и последующие этапы развития научной библеистики и новозаветной критики: «поиск исторического Иисуса», «открытый» книгой Давида Штрауса (1808–1874) «Жизнь Иисуса, критически исследованная» (1835); деятельность «Школы истории религий», возникшей в Геттингене на рубеже 1880-1890-х годов.
В рассматриваемый период продолжали изменяться границы религиозных ареалов (как результат миссионерской деятельности, политической экспансии, социально-экономических и демографических трансформаций). Католические и протестантские миссионеры активно работали среди последователей традиционных политеистических верований в Северной и Латинской Америке, в Африке южнее Сахары, в Австралии и Океании. Менее активно, в силу политических препятствий и «конкуренции» со стороны развитых местных религий, христианская проповедь распространялась в Индии, Китае и Японии. Российская православная церковь — единственная из православных церквей, проводившая миссионерскую деятельность, — сумела достичь больших успехов среди аборигенов Северной Азии (особенно в Западной Сибири, на Алтае, в Хакасии, в Якутии), а также на Аляске и близких к ней островах. В конце века начали развиваться русские православные миссии в Японии и среди ассирийцев-несториан в районе Урмии (Северо-Западный Иран).
«Просвещенный век», к сожалению, не исключил «религиозный геноцид» как фактор геополитической борьбы. Гонениям, вплоть до тотального истребления, подвергались группы христиан в Японии (до 1873 г.) и Китае (в ходе движения ихэтуаней 1898–1901 гг.), буддисты в Кульджинском крае, Джунгарии и Семиречье (в ходе антикитайского восстания местных мусульман — дунган и уйгуров — в 1863–1864 гг.), последователи армяно-григорианской и православной церквей на Балканах и в Сирии («дамасская резня» 1860 г.). Во многих странах малые этноконфессиональные группы («кафиры» Нуристана, «гебры» в Иране и др.) могли рассчитывать лишь на зыбкую перспективу покровительства со стороны зарубежных держав.