В 1869 году Миклуха-Маклай предпринял новое путешествие. На этот раз он отправился на восток, в бассейн Красного моря. Целью второго путешествия были проверка и пополнение некоторых данных, полученных им при зоологических изысканиях на Канарских островах.
Это путешествие требовало большой выдержки, бесстрашия, железной выносливости и огромной инициативы. Миклуха-Маклай показал, что он обладает всеми этими качествами в полной мере.
Красное, или Чермное, море, отделяющее Аравию от Абиссинии и Египта, тянется узкой полосой на протяжении 2200 километров от Суэцкого канала до пролива, который носит название Баб-эль-Мандебского, что в переводе означает «Ворота умирающих». Европейцев, путешествующих в летние месяцы по Красному морю, прежде всего пугает жара. Она томительна в штиль и нестерпима, когда дует ветер из пустыни. Между различными гипотезами, которые были предложены для объяснения происхождения названия «Красного» моря, наиболее правдоподобна та, которая придает ему смысл «жаркого». Багровое небо, отражающееся в море, ослепительный блеск господствующих над ним гор и скал, раскаленный воздух — таковы будто бы причины, заставившие назвать это море «жарким», «красным».
Около трети бассейна Красного моря занято низменными островами, созданными трудом кораллов. Вдоль аравийского берега коралловые мели образуют почти сплошную цепь от Ходейдской бухты до входа в Акабский залив. На африканском берегу шеб — бахрома из коралловых рифов — не образует такой непрерывной линии, зато в некоторых местах она дальше выдвинута в открытое море. Против города Массауа коралловые банки занимают боле половины моря. Плавание очень опасно среди шеба — этого бесконечного лабиринта проливов и морских улиц. Арабские суда, следующие вдоль побережья, ночью должны бросать якорь: при всей своей опытности и осторожности лучшие кормчие могут сбиться с пути, так как рифы из года в год меняют свое местоположение.
Не на многих морях имеется возможность наблюдать зрелище, подобное тому, которое представляется путешественнику, созерцающему с корабля дно Красного моря.
Сквозь прозрачную, как хрусталь, воду, на глубине двадцати и более метров видны подводные «луга» зоофитов с миллиардами ветвей, почек и цветов. Этот бесконечный мир разнообразнейших форм сияет чудным блеском бриллиантов, рубинов и сапфиров.
Миклуха-Маклай отправился исследовать причудливы берега Красного моря один. Скудные средства, которыми он располагал, не позволяли ему нанять служителя или переводчика. Научную работу приходилось вести под тропическим солнцем, при постоянной температуре более 35° по Цельсию. Микроскоп и термометр он прятал в холщевый мешок, опасаясь возбудить подозрение у фанатичны туземцев незнакомыми для них инструментами. Страдая лихорадкой, скорбутом, подчас голодая, он упорно шел вперед. Чтобы сблизиться с туземцами и снискать их доверие, он изучил арабский язык, обрил голову, стал носить аравийский бурнус, научился подражать религиозны обрядам мусульман и даже выкрасил себе лицо коричневой краской. Миклуха-Маклай не имел ничего общего со «знатными» путешественниками, выглядывающими из окон комфортабельных кают парохода. Он окунулся в самую гущу жизни и личным опытом проверял сделанные им наблюдения.
Религиозно-фанатически настроенные арабы и множество кочующих любителей легкой наживы нередко угрожали жизни путешественника, но ни разу он не изменил своего благожелательного отношения к туземцам, понимая, что не они виноваты в окружающем их невежестве, упадке нравов, болезнях и нищете.
Миклуха-Маклай побывал в белых, сожженных солнцем городах Ямбо, Джедде и Массауа. Он изучал типы жителей побережья Красного моря и видел, что ни о какой «чистой» расе говорить не приходится. Мусульманские гаремы арабов исстари пополнялись негритянскими девушками, которые продавались на невольничьих рынках по цене от ста до двухсот рублей, и это давно уже создало смешанный тип приморского населения.
Недостаток в средствах у Миклухи-Маклая был настолько велик, что, когда настало время возвращения на родину, ему пришлось прибегнуть к помощи местных русских консулов и занять у них небольшие суммы. И все же, несмотря на все неблагоприятные условия, он собрал интереснейший материал по вопросам сравнительной анатомии и зоологии, на основании которого сделал доклад на заседании Русского географического общества в Петербурге.
В Россию Миклуха-Маклай возвращался через Турцию. В Константинополе русский консул выразил желание оказать ему какую-нибудь услугу. Непритязательный путешественник ограничился тем, что попросил отдать в стирку его белье. Консул, не представлявший себе условий, в каких приходилось существовать Миклухе-Маклаю, счел эту просьбу за насмешку.
Из Константинополя Миклуха-Маклай приехал в Одессу, а затем отправился на южный берег Крыма. Прожив там некоторое время и собрав необходимый научный материал, он выехал на Волгу, чтобы продолжать там работу по изучению мозга хрящевых рыб.