С Волги Миклуха-Маклай отправился в Москву, где в то время происходил второй съезд русских естествоиспытателей и врачей. На съезде он выступил с докладом, в котором доказывал необходимость организации зоологических морских станций на Белом, Балтийском, Черном и Каспийском морях, а если возможно, то и на берегах Тихого океана — во Владивостоке, на Сахалине и на Камчатке. Он указывал, какое огромное значение в народном хозяйстве может иметь такая сеть морских станций, не говоря уже об их научном интересе.
Это выступление Миклухи-Маклая не прошло бесследно. На съезде молодой ученый обрел горячих сторонников, и через несколько лет Общество любителей естествознания по инициативе профессора А. П. Богданова, стало усиленно собирать коллекции низших животных в Черном и Балтийском морях; позже были основаны две зоологические морские станции — в Севастополе и на Соловецких островах. В настоящее время таких станций в Советском Союзе имеется двенадцать: восемь по побережью Черного моря две на Каспийском, одна на Северном и одна во Владивостоке.
Из Москвы Миклуха-Маклай отправился в Петербург. К этому времени у него созрел грандиозный план научного исследования берегов Тихого океана; там он надеялся, во-первых, найти ответы на некоторые вопросы относительно эволюции животного мира вообще, а во-вторых, решить основную проблему, стоявшую в то время перед всеми антропологами, — проблему о происхождении и развитии человеческих рас.
В антропологии существовали тогда два направления, сторонники которых вели между собой жестокую борьбу. Одни — моногенисты — утверждали, что человеческие расы произошли от одного ствола, другие — полигенисты— пытались доказывать, что человеческие расы произошли от нескольких независимых друг от друга стволов. Белая и черная расы, по мнению полигенистов, представляют собой две совершенно особые породы, отличающиеся как в физическом, так и в интеллектуальном отношении. Отсюда вытекало учение о неравноценности человеческих рас. Белая раса объявлялась высшей расой, самой природой предназначенной для господства, а черная и желтая расы считались низшими, обреченными на вечно подчиненное положение.
Учение полигенистов являлось теоретическим обоснованием колониальной политики европейской буржуазии, беспощадно угнетавшей и эксплоатировавшей цветные расы в своих колониях. В настоящее время фашисты, эти ярые враги человечества и культуры, охотно возродили учение полигенистов о расах, сделав его основой своей человеконенавистнической политики, территориальных захватов и истребления народов.
Моногенисты, стоявшие на единственно правильной научной точке зрения, целиком отвергали теорию различного происхождения человеческих рас и вытекающий отсюда вывод о их природной неравноценности. Они утверждали, что теория полигенистов не опирается на проверенный фактический материал и что для решения вопросов о существовании «низших» рас, неспособных якобы в силу своего анатомического устройства подняться до уровня так называемых «высших» рас, необходимо провести всестороннее и глубокое изучение представителей всех рас, населяющих земной шар от экватора до полярного круга. Один из крупнейших моногенистов того времени в России, академик Бэр, писал: «Является желательным и, можно даже сказать, необходимым для науки изучить полнее обитателей Новой Гвинеи».
Академик Бэр обращал такое внимание на Новую Гвинею именно потому, что эта экваториальная страна была почти неизвестна тогда европейцам. На большей части ее территории еще не ступала нога европейских путешественников, и населявшие ее туземцы должны были представлять собою наиболее чистые, без всяких примесей, образцы цветной расы. Изучить их с точки зрения сравнительной анатомии и определить сходство и различие их с белой расой — значило научно решить антропологический спор между моногенистами и полигенистами, значило вырвать почву из-под лженаучных и глубоко реакционных утверждений полигенистической расовой теории.
По приезде в Петербург, в октябре 1869 года, Миклуха-Маклай сделал в совете Русского географического общества сообщение о своем желании совершить при поддержке Общества научное путешествие на острова Тихого океана. «Во время предстоящего мне путешествия (путешествие рассчитано лет на 7 или 8, а потому план его может быть начертан лишь в кратких и неопределенных чертах. Первые годы путешествия думаю провести на берегах тропических морей, а затем подвигаться постепенно на север, до берегов Охотского моря и северных частей Тихого океана. Первым же полем моей деятельности будет Новая Гвинея; при этом вообще я руководствовался соображениями, которые не замедлю сообщить Географическому обществу) занятия мои, кроме специально-зоологических исследований, будут состоять также в метеорологических наблюдениях и исследованиях по антропологии и этнографии».