«Проведенная беседа на кафедре с тов. Маресьевым А. П. по истории ВКП(б) показала, что он свободно ориентируется в основных вопросах теории и истории большевизма. Ему были поставлены вопросы по работам В. И. Ленина „Что делать?“ и „Детская болезнь ‘левизны’ в коммунизме“, а также по трудам И. В. Сталина „Коротко о партийных разногласиях“, „Об основах ленинизма“ и „Еще раз о социал-демократическом уклоне в нашей партии“. По названным работам обнаружил глубокие знания. Дал вполне удовлетворительные ответы о II съезде РСДРП и о XVIII съезде ВКП(б). Правильно охарактеризовал работу партии большевиков на идеологическом фронте в послевоенный период. Дал глубокий анализ сталинского учения о постоянно действующих факторах, решающих судьбу войны.
По своей теоретической подготовке тов. Маресьев вполне отвечает требованиям, предъявляемым к поступающим в академию по кафедре истории ВКП(б)».
Учеба в аспирантуре вновь потребовала от Маресьева напряженной работы, теперь уже над кандидатской диссертацией. Тему он взял близкую роду своей прежней службы — роль партийно-политических органов ВВС в Великой Отечественной войне. И хотя Маресьев был, как говорится, в материале, потрудиться пришлось немало.
Во время написания диссертации он успешно сдал кандидатские испытания, получив три отличные оценки по истории ВКП(б) (дооктябрьский период), истории ВКП(б) (послеоктябрьский период) и истории СССР. Четыре балла ему поставили за сдачу диалектического и исторического материализма. И только за английский язык Маресьев получил посредственную оценку, то есть тройку. Примечательно, что экзаменовали его далеко не рядовые преподаватели. К примеру, историю СССР принимали профессор, доктор исторических наук, лауреат Сталинской премии, а впоследствии академик АН СССР М. В. Нечкина, кандидат исторических наук З. А. Астапович, доценты Л. С. Гапоненко и С. А. Юдачев.
Однако в срок, а диссертацию нужно было защитить до 15 июля 1955 года, наш герой не уложился. По словам самого Маресьева, из учебной колеи его часто «выбивали» командировки, в которые он выезжал для участия в международных конгрессах и совещаниях сторонников мира. В связи с этим Маресьев был вынужден обратиться в ректорат с просьбой продлить срок пребывания в аспирантуре. Ректор академии пошел ему навстречу, предварительно согласовав этот вопрос с ЦК. Маресьев продолжил учебу, ему выделили время для окончательной доработки и защиты диссертации. Итогом стала глубокая по содержанию научная работа.
В ней Маресьев обстоятельно, на конкретных примерах рассказал о формах и методах партийно-политической работы в войсках, о том, какую важную роль она сыграла в достижении победы над врагом. По заключению автора, эта работа среди авиаторов — участников Курской битвы отличалась высоким идейным содержанием и большим разнообразием применяемых форм и методов. Главный упор командиры, политорганы, партийные и комсомольские организации делали на то, чтобы воспитывать у личного состава горячую любовь к Родине и ненависть к ее врагам, обеспечивать высокий наступательный порыв, авангардную роль коммунистов и комсомольцев, смелые и решительные действия в бою.
Защита диссертации состоялась в 1956 году и прошла успешно. В том же году Алексею Петровичу была присуждена ученая степень кандидата исторических наук. Вот выписка из протокола № 6 заседания Ученого совета АОН при ЦК КПСС от 18 июня 1956 года: