Материальное банкротство Ковалевских было неотвратимо. Их делами уже распоряжались нетерпеливые кредиторы. Софья Васильевна извещала об этом А. О. Ковалевского в январском письме 1880 года. Начато было письмо Владимиром Онуфриевичем, но он никак не мог собраться продолжать его, и жене пришлось доканчивать сообщение о делах, в которых Александр Онуфриевич был заинтересован своими крохами. «Как мы справимся с этим делом, я решительно и представить себе не могу, — пишет В. О., — у Софы все еще существуют какие-то надежды на устройство дела, но у меня их положительно нет и по той простой причине, что здание возведено в таких размерах и в такой стоимости, что оно не окупает всех процентов и следовательно неминуемо должно погибнуть». Софья Васильевна никаких надежд на устройства дела не имела, что и высказала в своей приписке: «Я почти рада, что эта операция уже окончена, так как один из главных страхов уже пережит. Что будет дальше — и сказать пока невозможно. Лишь только что-нибудь выяснится, я намереваюсь убежать с Фуфкою (дочерью) из Петербурга».
В начале 1880 года Ковалевские разделались со всеми своими коммерческими предприятиями: их домами, парниками, банями, коровами, садом завладели другие лица. Сами они уехали в Москву, где оба пытались снова заняться наукой.
Софья Васильевна вступила в математическое общество при Московском университете, но там отнеслись несочувственно к ее увлечению теорией Вейерштрасса.
Московские математики настолько не знали тогда эту теорию, что Софья Васильевна писала Миттаг-Леффлеру: «Меня больше почти не удивляет, что наши русские математики, знающие всю эту теорию лишь по книжкам Неймана и Брио, проявляют такое глубокое равнодушие к изучению этих функций. Поверите ли вы мне, например, если я вам скажу, что мне еще недавно пришлось выдержать горячий спор с несколькими профессорами математики Московского университета, считавшими, что еще не доказана возможность серьезного применения абелевских функций и что вся эта теория еще настолько запутана и бесплодна, что она совершенно не может служить предметом для университетского курса!»
Тем не менее Софья Васильевна решила сдать в Москве экзамены на звание магистра, и вступила в переговоры с профессорами физико-математического факультета. С своей стороны Владимир Онуфриевич подал заявление о зачислении его преподавателем университета. Ковалевские рассчитывали на переживавшийся тогда русским просвещением период либерального восторга: министром был молодой, принадлежавший к группе прогрессивных сановников, «правовед» А. А. Сабуров, незадолго до того сменивший мракобеса и вождя оголтелой реакции Д. А. Толстого. Но почтенные московские профессора знали цену сабуровской прогрессивности и, стараясь подслужиться к министру, лишний раз показали, чего стоит свободолюбие либерала.
Небольшие отрывки из двух писем Софьи Васильевны к А. О. Ковалевскому чрезвычайно любопытны для характеристики русского либерального общества в эту пору. «Володя уже, конечно, писал вам, что его избрание в штатные доценты при здешнем университете становится довольно вероятным и что он этого весьма сильно желает, так как надеется комбинировать служение маммоне со служением геологии. Что до меня касается, то я было подала прошение о допущении меня к магистерскому экзамену, но Бабухин (профессор гистологии) и Снегирев (профессор акушерства), услышав об этом, пристали к Володе с тем, чтобы я взяла прошение обратно, ибо в университете существует весьма сильная партия ненавистников женского вопроса, которых рассуждения обо мне могут восстановить и против Володи, что значительно повредит вопросу о его избрании. Хотя Бугаев (Н. В. — профессор математики, отец писателя Андрея Белого) и утверждает, что это все вздор, но я все-таки не желаю итти на риск и решилась магистерство отложить».
В другом письме Софья Васильевна говорит о том же: «Володя уехал за границу… Он, конечно, писал вам, что его избрание в университет становится чрезвычайно вероятным… Что до меня касается, то мои дела идут далеко не столь блестящим образом; несмотря на то, что и профессор Давидов (А. Ю., московский математик) и ректор Тихонравов (Н. С.) лично обращались к министру с просьбою допустить меня к магистерскому экзамену, но министр (А. А. Сабуров) решительно отказал и даже одному моему знакомому, д-ру Покровскому, тоже имевшему случай говорить с министром, выразился так, что и я, и дочка моя успеем состариться прежде, чем женщин будут допускать к университету. Каково? Кто бы мог ожидать подобного от столь либерального молодого человека, как наш Сабуров?».