Живя в Берлине, Софья Васильевна усердно работала, и Вейерштрасс говорил, что ее новый труд будет принадлежать к самым интересным работам десятилетия. Поэтому она просила Владимира Онуфриевича не быть слишком нетерпеливым и не ждать от нее таких скорых результатов, какие он сам имеет в своих научных работах: «дай мне пожить и поработать так, как это сообразно с моей природой, — т. е. не торопясь и исподволь»
И обещает «вернуться на зиму домой», если Владимир Онуфриевич этого захочет.
Совершенно выбитый из нормальной колеи, Ковалевский метался от одного проекта разбогатеть к другому и не замечал, что шайка, дельцов расставляет ему ловушки, втягивает его в дело откровенно уголовного свойства.
Брат убеждал В. О. Ковалевского не пренебрегать университетом, напоминал о необходимости готовить докторскую диссертацию. Владимир Онуфриевич был утвержден доцентом с января 1881 года, а лекции начал не раньше осени, стараясь взять минимальное количество их, чтобы не пострадали нефтяные дела. Когда же рагозинские аферы подошли к концу, В. О. Ковалевский был совсем непригоден для университетских занятий: от его московской профессорской деятельности не получили ничего ни наука, ни сам Владимир Онуфриевич, ни студенты, несмотря на то, что исследователь он был гениальный, ученый глубокий и лектор блестящий.
Бывший в начале 80-х годов студентом Московского университета, а впоследствии профессором зоологии, В. Н. Львов рассказывал, что Владимир Онуфриевич «заставлял своих слушателей подолгу ожидать начала лекций. Однажды, после такого опоздания он входит в аудиторию в пальто, со шляпой подмышкой и с каким-то предметом в руках: оказывается, его задержала на улице убитая ворона, крыло которой он принес с собой. С этим крылом он входит на кафедру и произносит блестящую импровизацию о развитии способности летать у позвоночных».
Какие могли быть лекции, когда надвигалась уголовная ответственность по делам Рагозиных, которые все валили на Ковалевского. Сообщая об этом брату, он пишет: «Конечно, я делаю всякие усилия, чтобы не поддаваться горю, и сегодня начал читать свои лекции». Но в письме от 25 ноября — иное: «Все пойдет с публичного торга. Сегодня была лекция, я шел на нее точно на пытку, до такой степени я глупо ослаб, но по счастью прошла хорошо…»
В зимние каникулы Владимир Онуфриевич поехал отдохнуть в Одессу. Оттуда он писал Ю. В. Лермонтовой, 4 января 1883 года, как человек, решивший расстаться с жизнью: «Очень и очень виноват перед вами, что не написал тотчас после приезда, все думал, не совершится ли какая-нибудь перемена к лучшему, но все остается так же мрачно, как и прежде. Конечно, живя в семье (брата), я успокоился и позабыл несколько те тяжелые обстоятельства, которые висят надо мною, но совсем их не выкинешь, и они висят грозной тучей… Мне просто больно и страшно смотреть на Фуфу и думать о будущем; что-то с нею будет и как устроится ее воспитание? Я здесь сидел и писал лекции для Москвы, но дело совсем не спорится и здесь».
Вернувшись в начале 1883 года в Москву, Владимир Онуфриевич писал брату в том же духе полного отчаяния и о своих делах, и о положении Софьи Васильевны, которая материально нуждалась. «Страшно, то, что я бессилен помочь, хотя это моя прямая обязанность. Безумие построек — начало гибели, а поганое товарищество довершило… Удар страшен. Грозная туча товарищества все висит над нами, и мы не знаем, как она разразится; мне всего тяжелее, так как за мною большой долг».
Последнее письмо Владимира Онуфриевича к А. О. Ковалевскому от 15 апреля написано в последний день его жизни. Он пишет о решении закончить диссертацию на степень доктора; сообщает о записке для судебных властей с объяснением своих действий в предприятиях Рагозиных; говорит о «длинной цепи безумных поступков в своей жизни», о том, что изложение дела «выходит страшно трудно и надо сказать — дурно для меня; когда, видишь все черным по белому, тогда совсем другое, чем в снисходительном к своим поступкам воображении». Старается убедить брата, что хочет жить, хотя давно решил умереть. Еще 1 февраля, в неотосланном, письме, он просил Александра Онуфриевича: «Напиши Софе, что моя всегдашняя мысль была о ней и о том, как я много виноват перед ней, и как я испортил ее жизнь».