Главный распространитель слухов о сношениях В. О. Ковалевского с III отделением, Н. И. Утин, примыкал в 60-х годах к революционным кружкам, но в 70-х годах «раскаялся» и был помилован царем. В эмиграции он строго следил за стойкостью всех вообще революционеров и радикалов. Так он участвовал в конце 60-х годов в насильственном обыске в Женеве у революционера И. И. Бочкарева, без основания подозревавшегося в шпионстве за его «крайнее любопытство» к эмиграции и т. п. Есть сообщение о таком же неосновательном обыске, произведенном эмигрантами у В. О. Ковалевского.
К слухам о Ковалевском имел также отношение Г. Н. Вырубов — богатый помещик, занимавшийся естественными науками и философией, живший с конца 60-х годов за границей, преимущественно в Париже. Известный ботаник и дарвинист К. А. Тимирязев сообщает, что когда он в 1869 году уезжал в Париж из Гейдельберга, где жил постоянно в обществе В. О. и С. В. Ковалевских, то Владимир Онуфриевич дал ему рекомендательное письмо к Вырубову. Прочитав это письмо, Вырубов, встретивший Тимирязева любезно, изменил свое отношение к нему Впоследствии С. И. Ламанский объяснил Тимирязеву, что еще до его приезда в Гейдельберг, в эпоху процветания там русской колонии, она делилась на партии. «Была в ней и та, что по современной (до революции) терминологии называется черносотенной, и вот один из ее представителей по злобе на В. О. Ковалевского пустил гнусную сплетню, будто он вертелся около Герцена в качестве шпиона».
Теперь о «натуралисте М.», показание которого имело важное значение в глазах М. А. Бакунина, но который сам также ничего не знал положительного против Ковалевского», хотя передавал сплетни о нем. Это — хороший знакомый Владимира Онуфриевича, ближайший друг и товарищ его брата по научной работе, знаменитый зоолог И. И. Мечников, Впоследствии В. О. Ковалевский много раз возвращался в своих письмах к брату к вопросу об участии И. И. Мечникова в распространении неаполитанских слухов, но, в конце-концов, недоразумение сгладилось, и отношения между ними стали дружескими.
Итак, постепенно толки о шпионстве улеглись, В. О. Ковалевский мог, казалось, забыть один из страшных кошмаров своей жизни. Но Владимиру Онуфриевичу не суждено было избавиться от него навсегда, и последние годы его тяжелой и сложной жизни вновь были отравлены всплывшей клеветой об его подозрительном счастьи при арестах деятелей радикальных и революционных кружков. Спекуляции с домами, постройка бань, участие в «Новом времени», наконец, почти явный разрыв с женой, — все это вызвало новые разговоры о нем в эмигрантских кружках. В результате этого в № 20, за февраль 1879 года, женевской русской газеты «Общее дело», издававшейся радикальной интеллигенцией, появилась огромная статья под заглавием «Нечто о шпионах». Автор статьи начинает с заявления, что разоблачать шпионов надо осторожно, ибо «всякая ошибка в этом случае непростительна и равняется убийству, да пожалуй еще хуже, потому что порядочный человек, конечно, предпочтет, чтобы его убили, чем быть заподозренным в этой полезной государственной деятельности». После этого переход к «биографии шпиона, далеко недюжинного, имеющего интерес вполне общественный». «В самом начале 60-х годов, — говорится в статье, — когда затевалось столько дел великих и малых, геройских и смехотворных… везде и всюду, и в Гейдельберге, и в Лондоне, и в Петербурге, в кружках смехотворных и в обществах серьезных, мелким бесом вертелся, вьюном извивался, петушком забегал один еще юный в то время субъект… Прошло это время… Громадное большинство знакомых нашего юного героя очутились кто на виселице, кто в эмиграции, кто в крепости, кто в ссылке; другие, из более благоразумных, подвизались кто в земстве по устройству банков, кто по тюремным комитетам, кто в адвокатах, кто и в прокурорах.
Один герой ни в огне не горел, ни в воде не тонул… Он занялся делом, небезвыгодным в материальном отношении и делавшим ему честь в нравственном, именно изданием книжек по части естествознания… Но этого было мало для честолюбия юноши. Он не прерывал с одной стороны своих прежних связей, часто посещая Герцена в Лондоне и Женеве, а с другой стороны, не пренебрег и открывшимся в то время женским вопросом…