Он слишком ясно показал свою несгораемость, когда летом 1866 г., в самый разгар муравьевщины, явился, как ни в чем не бывало, либеральничать среди русской эмиграции в Швейцарии. Его попросили выйти. С другой стороны, в Петербурге около того же времени обнаружилось, что женский вопрос он понимает слишком односторонне, в смысле сводничанья доверяющихся ему девиц с нетрезвыми капиталистами, имея в виду вступить потом за известную сумму в брак с этими жертвами его сводничанья и капиталистической похотливости, для прикрытия греха. По обнаружении подобных прелестей наш герой на некоторое время исчез с петербургского горизонта… Он, как пробка, всплыл опять и опять-таки на женском вопросе. Оказалось, что одна очень молоденькая и неопытная, хотя способная девушка, дочь весьма богатых родителей, признала в нем рыцаря, готового на помощь угнетенным красавицам, и предала свою судьбу в его руки».
Затем в статье говорится об участии героя в суворинском «Новом времени», о том, как он пытался обобрать Суворина, а когда «Суворин отстоял свое добро», то герой «открыл торговые бани в собственном доме». Автор статьи уверен, что его герой «не замедлит открыть вскоре образцовый публичный дом для продолжения своей торговли мясом». Заканчивается статья так: «Мы было и забыли сообщить имя «героя нашего времени». Мужа этого зовут Владимир Онуфриевич Ковалевский».
Вздорность обвинения «Общего дела» против В. О. Ковалевского очевидна после всего рассказанного о его издательской деятельности, о его связях и отношениях с радикальными кружками, о его фиктивном браке, о его увлечении спекуляциями, после приведенных выше его политических высказываний по поводу Коммуны 1871 года. Статья «Нечто о шпионах» не подписана, но установлено, что автором ее является известный критик и революционер В. А. Зайцев (1842–1882), с которым В. О. Ковалевский был знаком по радикальным кружкам первой половины шестидесятых годов. Оба они участвовали также, вместе с другими товарищами В. О. по училищу правоведения — В. В. Яковлевым и князем А. С. Голицыным, в издании радикальной газеты «Народная летопись», выходившей в Петербурге в 1865 году. Зайцев имел какие-то счеты с Владимиром Онуфриевичем из-за своей сестры Варвары Александровны, в связи с ее фиктивным браком. Эта «красивенькая, но надутая», как характеризует ее современник, барышня хотела освободиться от гнета отца, крупного чиновника, разошедшегося с женой вследствие несочувствия ее радикальному образу мыслей и революционным связям своих детей. С этой целью Зайцева фиктивно вышла замуж за участника нигилистических кружков 60-х годов князя А. С. Голицына. Потом она выехала в Швейцарию, где сошлась с другом Ковалевского, участником польского восстания доктором П. И. Якоби. С последним у Ковалевского тоже были временные недоразумения на почве денежной помощи, которую Владимир Онуфриевич ему оказывал. Когда В. О. Ковалевский узнал, что Якоби живет с Зайцевой, он писал брату, что после этого его хорошие отношения с товарищем «должны кончиться, или, по крайней мере, охладиться».
В. А. Зайцев до конца жизни не отделался от неприязни к В. О. Ковалевскому. Что касается вопроса о шпионах, то борьбу с ними он вообще считал одной из важнейших задач писателя-революционера и требовал в этом деле исключительной бдительности. Через два года после статьи о Ковалевском, в статье «Теоретические основания суда над шпионами», Зайцев писал: «Всякий, заподозрив лицо в шпионстве, не только имеет право, но и прямую обязанность высказать открыто подозрение, хотя бы с риском обвинить невинного. Опасность повредить одному лицу совершенно исчезает перед риском сделаться сообщником гибели сотни людей… Разумеется, не должно возводить обвинений легкомысленно; надо иметь для этого полное нравственное убеждение; оно назревает само собой и помимо нашей воли; но раз почувствовав его, надо иметь мужество высказать его громко, не ожидая никаких улик, так как их в этом деле быть не может».
Конечно, в появлении статьи о Владимире Онуфриевиче сыграла роль отмеченная новейшим исследователем публицистической деятельности В. А. Зайцева «чрезмерная склонность» последнего «к поспешным непродуманным выводам». Но побудительным толчком для автора несомненно послужили разговоры о широком размахе спекулятивной деятельности Ковалевского, о преступно-пышной, с точки зрения радикальных кружков 70-х годов, обстановке его домашней жизни, о том, что он продал свое научное первородство за чечевичную похлебку, толки о его знакомствах среди столичной плутократии. Статья запрещенной газеты не могла получить в России широкого распространения, но неаполитанские слухи 1866 года снова поползли по петербургским гостиным. Душевный покой Владимира Онуфриевича был нарушен окончательно.