Софья Васильевна сохранила больше спокойствия, в ней было больше уверенности в своих силах и она уже подумывала о возвращении к научным занятиям. Она еще делала расчеты доходам от постройки домов, от эксплоатации бань и тому подобных спекуляций; но из писем ее к А. О. Ковалевскому видно, что сама она уже не верит этому и очень жалеет, что дела вынуждают жить в Петербурге. И, что самое главное, Софья Васильевна была уже недалека от решения совсем прекратить свою совместную жизнь с Ковалевским. Слухи об этом стали распространяться, когда она заговорила о желании поехать на короткое время в Берлин — возобновить под руководством Вейерштрасса занятия математикой. Раньше, в виду научного безделья, ей было стыдно предстать перед своим старым учителем и предположение поехать в Берлин в 1878 году осталось не осуществленным. Теперь она могла сделать это благодаря П. Л. Чебышеву, убедившему ее выступить с докладом на шестом съезде естествоиспытателей в Петербурге в конце 1879 года. Почти накануне съезда Ковалевская разыскала в ящике на чердаке свои математические рукописи, в одну ночь перевела на русский язык одну из своих геттингенских диссертаций — «О приведении некоторого класса Абелевых функций к функциям эллиптическим» — и сделала доклад, вызвавший одобрение Чебышева и других членов съезда.
Владимир Онуфриевич совсем уже не был в состоянии заниматься наукой. Кроме краха всех его строительных и других коммерческих затей, кроме назревавшего распада семьи, на него обрушился еще один тяжелый удар. Это был поздний отголосок давнего недоброжелательства к Ковалевскому со стороны радикально-революционных кружков. Началось оно во второй половине шестидесятых годов. Выстрел В. Д. Каракозова 4 апреля 1866 года в Александра II вызвал белый террор дворянского правительства против участников революционных и радикальных кружков. Хватали правых и виноватых. Казематы Петропавловской крепости были переполнены арестованными. Среди них были друзья и знакомые Владимира Онуфриевича. Его самого муравьевский террор обошел, как и очень многих других участников общественного движения. Но Ковалевскому это зачлось плохо. В эмигрантских кругах стали говорить о подозрительности его счастья.
В письме к А. И. Герцену из Неаполя, от 22 сентября 1866 года, Бакунин сообщал, что слух о том, будто В. Ковалевский — корреспондент III отделения, дошел до него от Н. И. Утина. Так как сам Бакунин имел «дотоле доброе мнение о Ковалевском», то он «потребовал Утина к ответу». Утин отвечал, что он обвинил Ковалевского, не зная его, по сообщениям знакомых, и отказался назвать их. Бакунин указал ему, что «обвинять громко человека в шпионстве, не называя своих источников и не приводя положительных доказательств, не благородно, не честно, а также и не совсем безопасно». На это Утин отвечал, что «с тех пор, как он лично познакомился с Ковалевским, он сам усомнился в справедливости обвинения». «Утин пустой и тщеславный мальчишка, — добавляет Бакунин, — важнее было для меня показание М. — натуралиста, которого я от души уважаю, как человека умного, серьезного и добросовестного. Он сам лично также ничего не знал положительного против Ковалевского, но слышал многое от разных людей в Швейцарии и в Германии». С этим сообщением Бакунин переслал Герцену письмо, полученное им от Ковалевского по поводу сплетен.
Письмо Владимира Онуфриевича к Бакунину до нас не дошло, но розысками М. К. Лемке, редактора 22-томного собрания сочинений Герцена, и моими в разных архивах установлено, что отношения III отделения к В. О. Ковалевскому сводились исключительно к переписке об его политической неблагонадежности. Однако, в 60-х годах слухи, исходившие от «пустого мальчишки» Утина и умного, добросовестного М., доползли к Герцену, и он изменил свое хорошее мнение о В. О. Ковалевском. Впрочем, через два года Герцен выражал сожаление о своем плохом отношении к Владимиру Онуфриевичу.
Семья Герцена также не придавала значения этим слухам. В 1872 году Н. А. Тучкова-Огарева виделась с А. В. Жаклар в Цюрихе и расспрашивала ее о Владимире Онуфриевиче «без всякого враждебного чувства».
В том же году, ожидая полного разрыва с Софьей Васильевной, Ковалевский в письме к брату высказывал радость по поводу того, что он не будет одинок в Париже, так как сумеет бывать там у своих друзей — дочери Герцена, Ольги, и ее мужа Г. Моно.
Кто же распространял слухи о Ковалевском, причинившие ему много горя, несомненно отразившиеся на его психическом состоянии и, может быть, не меньше, чем крах спекуляций, послужившие причиной его трагической гибели?