Венцом всему явилось столкновение Романа Исидоровича с одним из подрядчиков, молодым армянином. Кондратенко принимал от него выполнение работ в одном из опорных пунктов. Тут же собрался любопытствующий гарнизон во главе с прапорщиком. Подрядчик, весело улыбаясь и потирая пухлые руки, вертелся вокруг Романа Исидоровича, всем своим видом показывая, что дела у него идут блестяще. Кондратенко, однако, видел много недостатков и причин для радости не находил. Его предположения подтвердил прапорщик. Не скрывая ничего, он заявил, что работы выполнены из рук вон плохо. Роман Исидорович и сам видел недостатки, несоответствие выполненных работ смете, видел, что неисправны печи и солдаты в первую же зиму будут мерзнуть. Он потихоньку закипал, а подрядчик на его вопрос о причинах неисправностей, не стесняясь присутствующих солдат, развязно ответил:
— Когда будешь жениться, такой тебе с женой сделаем печка, будет жарко, — громко рассмеялся и, подмигнув, фамильярно потрепал инженера по плечу.
Здесь уж Роман Исидорович не сдержался и влепил негодяю пощечину.
В тот же день Кондратенко подал рапорт по команде. Но подрядчик оказался не прост. Чувствуя свою полную безнаказанность, он обратился в суд за оскорбление насилием. Роману Исидоровичу пришлось испытать еще одно унижение. Чорохская военно-инженерная дистанция старалась не допустить какого-то ни было разбирательства прежде всего потому, что начальство боялось, как бы Кондратенко во гневе не раскрыл на суде все махинации. К нему зачастили коллеги, старшие начальники. Все сочувствовали, клялись в дружбе и пытались выяснить, как поступит штабс-капитан. На суде Роман Исидорович объяснил, что посчитал жест подрядчика и его заявление наглостью, оскорблением офицерской чести и не жалеет о случившемся. Суд ограничился разбирательством дела.
Не желая больше оставаться в среде военных инженеров белой вороной, Роман Исидорович отправился в Тифлис просить совета у брата. Тот предложил ему идти в академию Генерального штаба и начать все сначала.
Быстрый в исполнении решений, находясь под впечатлением недавнего, Роман Исидорович тотчас отправился к начальнику инженеров Кавказского военного округа и добился разрешения поступать в академию.
Не откладывая дела в долгий ящик, он за неделю рассчитался с прежним местом службы, устроил прощальный вечер, на котором присутствовали все офицеры Чорохской военно-инженерной дистанции, откровенно радующиеся избавлению от дотошного правдолюбца, и на следующий день, не заезжая к брату, отбыл в Петербург. Вскоре но прибытии он был зачислен сразу в старший класс Николаевской академии Генерального штаба.
Обучение в старшем классе академии Генерального штаба, несмотря на пройденный им совсем недавно академический курс, требовало напряжения. Роман Исидорович постепенно втянулся в привычный и радостный ритм учебы. Но тут, на беду, разболелась нога. Более месяца он пролежал, в клинике, а после еще долго ходил на костылях. Отсутствие друзей, денет, наконец, болезнь выбили его из колеи. Впервые в жизни он почувствовал отвращение к учению.
До окончания Романом Кондратенко курса академии оставалось три месяца, когда Елисей Исидорович получил письмо, в котором брат прямо выражал сомнение в целесообразности своих занятий. Крайне озабоченный вестями и опасаясь за состояние брата, Елисей Исидорович бросил свои дела и в феврале 1886 года приехал в Петербург.
Брата он застал в состоянии депрессии. Изнемогающий от болезни, усталости и бедности, тот снимал жалкий угол в полуподвале. С трудом узнал Елисей Исидорович в исхудавшем, заросшем густой черной бородой офицере вечно веселого, брызжущего неиссякаемым здоровьем и энергией Романа Исидоровича.
Старший брат немедля снял на Литейном светлую, чистую комнату, в которой и сам поселился вместе с Романом. Рассчитался с многочисленными долгами брата. Пригласил на консультацию врачей.
Не прошло и месяца, как с прежним энтузиазмом младший Кондратенко объяснял брату смысл последней предэкзаменационной работы. Силы возвращались в молодой организм с поразительной быстротой. Но Елисей Исидорович не уезжал, поддерживал брата морально и материально. Он оставался с ним до последних испытаний в академии. Праздновал вместе с Романом производство в капитаны, обсудил вопрос о том, куда просить назначения на службу. Роман Исидорович охотно согласился на предложенную ему вакансию в Виленском военном округе. Из Петербурга братья выезжали одновременно: один ехал в Тифлис, другой в Вильно.